作者LUSRICH (ININ)
看板Bioindustry
问题[问题] 请问进行细菌 真菌 及古细菌菌种鉴定 NGS或MOLDI
时间Thu Jan 18 01:53:08 2018
请问进行细菌 真菌 及古细菌菌种鉴定时，
该选择
NGS或MOLDI -TOF呢
送验之样本用这两种方式测到不同的结果
故有此困惑，先感谢版大们之解惑了！！
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※ 编辑: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:53:56
※ 编辑: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:55:14
※ 编辑: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 02:07:30
1F：推 sunnylaba: 可以po到Biotech版问看看 01/18 08:18
2F：推 rossy: NGS看基因体序列 MALDI-TOF看蛋白质 一般都先定序然後做Phy 01/18 12:36
3F：→ rossy: logenetic tree去看看这些菌属於哪一类 01/18 12:36
4F：推 ChesterYeah: Maldi-tof 你目的要做什麽？前处理是？ 01/18 13:08
5F：→ ChesterYeah: 没有target 就没有特定要看什麽的话， 01/18 13:10
6F：→ ChesterYeah: 你只会看到一些不知道是什麽的东西 01/18 13:10
7F：→ ChesterYeah: 这些东西不只会是蛋白质 01/18 13:11
8F：→ ChesterYeah: maldi told 要看核苷片段也是可以的，需要比对数据库 01/18 13:12
9F：→ ChesterYeah: 看蛋白表现就需要水解，电泳或否，上机，比对资料库 01/18 13:13
10F：→ LUSRICH: 感谢版大们回覆 01/18 21:49
11F：→ LUSRICH: 我送验的样本是含多种未知菌的复合样本 01/18 21:49
12F：→ LUSRICH: 故先送NGS检测後 01/18 21:49
13F：→ LUSRICH: 验出其中有肠球蔨属之粪肠球菌，於是委托厂商以肠球蔨属 01/18 21:49
14F：→ LUSRICH: 的培养基分离，并再以malditof蛋白图谱去监种作二次确认 01/18 21:49
15F：→ LUSRICH: ，结果打出来的93个点都显示是另一种菌：耐久肠球蔨，接 01/18 21:49
16F：→ LUSRICH: 下来就卡关了 板大们建议以何种方式往下验证呢？感激不尽 01/18 21:49
17F：推 ChesterYeah: 93个点 你是指maldi 的plate还是？以及处理方式？ 01/19 08:46
18F：→ LUSRICH: C大您好 感谢您 我刚刚与厂商确认了这个问题 01/19 17:18
19F：→ LUSRICH: 我们当时系以肠球蔨属培养基上的colony们挑了93个点打哦 01/19 17:18
20F：→ LUSRICH: 第94个样本以Ecoli当对照 01/19 17:18
21F：推 ChesterYeah: 活菌直接上机吗？还是有萃取？前提是你选择培养基上 01/19 17:36
22F：推 ChesterYeah: colonies 是纯菌株，然後有无萃取步骤或是直接混基 01/19 17:38
23F：推 ChesterYeah: 然後同一盘上面的点最好也挑去做colony PCR 确认一下 01/19 17:40
24F：推 ChesterYeah: 有种情况是看似single colony 但却是重叠 01/19 17:42
25F：→ ChesterYeah: 若不是，基本上Maldi都只能当作佐证；NGS就看做多深 01/19 17:43