複方的問題,我覺得可以這樣來討論,如果compound[1] 結合到 binding site [1] 後,整體結構(protein+compound)可能改變,這時binding site [2]可能改變結構,原本設計的compound[2]就無法結合入原本binding site [2],那是不是空談…..我想到的方法是compound[1] 結合到 binding site [1] 後,整體結構(protein+compound)先結晶打x-ray確定binding site [2]有無改變,再往下做,還要考慮binding環境 另外binding環境的問題,雖然是模擬體內的環境,但是是套用protein的x-ray結晶構型,要如何確定protein在體內的環境變成什麼構型才是重要……. 舉個例子…如果protein結晶時會露出active site,但在體內的環境時因構型改變, active site給一個amino acid蓋住了….那你怎麼算都不會正確…. 電腦模擬我想是藥物開發的工具之ㄧ,至於能夠利用到什麼程度就看擬真度高不高了…. ※ 引述《piimaila (肥仔)》之銘言： : 稍微整理一下目前討論結果 : 如果想要廠商接受 : 電腦實現高通量篩選要可行必須有 : 1. 配體(化合物, 藥物)夠多, 也就是目標應該定在 縮小傳統HT的範圍. : 2. 由於目標是1 所以速度必須遠高於廠商能夠取得的HT機器之速度. : 3. 由於是縮小傳統HT的範圍故價格要低於縮小HT範圍所得到的價格效益 : 但是, 如果另一方向想, : 如果 能找到一個各方人才的團隊(主要是生技, 資訊人員) : 開發出目前市面上疑難雜症的藥物, 該症目前可能宣稱為不治之症或慢性病 : 當然, 不可能是治癒, 但是理論上可以控制. : 舉例說明: 紅斑性狼瘡, 第二型糖尿病, 痰湿型肥胖症 : 該藥物群"僅"通過電腦篩選. 這樣, 這些資料是否有市場呢? : ※ 引述《s122s91 (lo)》之銘言： : : 如果你用現在上市的藥, : : 用電腦模擬去算,分數一定不是最高的 : : 如果把電腦設定成"上市藥物"為最高分的參數,拿來跑,設計出來的藥物,活性通常不高 : : 我想這就是困境。 : : 不知道到現在為止,有沒有藥物是真的由模擬出來的。 : : 電腦模擬就是模擬,不一定準。 --

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