作者keroromoa (夏天一到就凸顯自己很魯)
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標題Fw: [求救] DNA annotation相關軟體
時間Mon Jul 17 17:13:10 2017
※ [本文轉錄自 Biotech 看板 #1PR7uv6q ]
作者: keroromoa (夏天一到就凸顯自己很魯) 看板: Biotech
標題: [求救] DNA annotation相關軟體
時間: Mon Jul 17 17:07:02 2017
小弟剛踏入dry lab沒多久，
老師在和我聊過後認為我需要優先培養dry lab相關的sense，
目前小弟的計畫是關於建立與整合mutation sequence database，
並進行annotation相關的工作。
在這裡想請教各位熟悉大數據相關annotation的前輩，
想要尋找能夠一次進行數千筆甚至數萬筆以上sequence的annotation相關的軟體，
要從什麼方向或關鍵字切入尋找（以提供在linux上進行的open source為主）？
目前從PubMed一些review paper看到的資料大都像blast系統一樣，
一次只能input幾個sequence。
謝謝~
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※ 轉錄者: keroromoa (163.25.93.81), 07/17/2017 17:13:10
1F：推 masamonster: 你應該是要annotate mutations對吧？那麼可以使用 07/18 01:38
2F：→ masamonster: annovar, SnpEff, 或者 Variant Effect Predictor. 07/18 01:39
4F：→ anysomething: ails.com 07/20 09:36