作者keroromoa (夏天一到就凸显自己很鲁)
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标题Fw: [求救] DNA annotation相关软体
时间Mon Jul 17 17:13:10 2017
※ [本文转录自 Biotech 看板 #1PR7uv6q ]
作者: keroromoa (夏天一到就凸显自己很鲁) 看板: Biotech
标题: [求救] DNA annotation相关软体
时间: Mon Jul 17 17:07:02 2017
小弟刚踏入dry lab没多久，
老师在和我聊过後认为我需要优先培养dry lab相关的sense，
目前小弟的计画是关於建立与整合mutation sequence database，
并进行annotation相关的工作。
在这里想请教各位熟悉大数据相关annotation的前辈，
想要寻找能够一次进行数千笔甚至数万笔以上sequence的annotation相关的软体，
要从什麽方向或关键字切入寻找（以提供在linux上进行的open source为主）？
目前从PubMed一些review paper看到的资料大都像blast系统一样，
一次只能input几个sequence。
谢谢~
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 163.25.93.81
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※ 转录者: keroromoa (163.25.93.81), 07/17/2017 17:13:10
1F：推 masamonster: 你应该是要annotate mutations对吧？那麽可以使用 07/18 01:38
2F：→ masamonster: annovar, SnpEff, 或者 Variant Effect Predictor. 07/18 01:39
4F：→ anysomething: ails.com 07/20 09:36