各位先知先進大大好 小弟我目前正在努力研究 NGS data 做 metatranscriptomic 上 在處理 data alignment 前利用fastx-toolkit 做QC的動作時候 data中在經由FastQC 工具發現序列中有大量 adapter 存在 似乎影響QC結果 於是想利用fastx-clipper做'切除'的動作 但未果!! 以下用test seq 來表示: test.fastq ---- @test1 CCTTAAGGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGG +test1 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test2 CCTTAAGGAAAAAAAAAGGGGGGGGGGG +test2 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test3 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG +test3 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test4 CCTTAAGGTTGACGTGATCGACACCTGG +test4 [[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[ ---- 我所用的command line: fastx_clipper -v -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test Clipping Adapter: CCTTAAGG Min. Length: 5 Input: 4 reads. Output: 1 reads. discarded 0 too-short reads. discarded 3 adapter-only reads. discarded 0 N reads. test ---- @test3 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG +test3 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ---- 另外不管是用 fastx_clipper -k -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test 或 fastx_clipper -n -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test 得到的結果都只是濾掉 而不是做切除 @test1 [CCTTAAGG]AAAAAAAAAAGGGGGGGGGG +test1 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test2 [CCTTAAGG]AAAAAAAAAGGGGGGGGGGG +test2 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test4 [CCTTAAGG]TTGACGTGATCGACACCTGG +test4 [[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[ 請問這個工具就是只會做過濾的工作 沒辦法做到切除adapter嗎? 如果沒辦法，我是不是要把過濾出來的sequence 檔案拿出來做另外處理(取代)即可 或是有另外工具可以處理掉呢? 另外 結果 report 中 Clipping Adapter: CCTTAAGG Min. Length: 5 Input: 4 reads. Output: 1 reads. discarded 0 too-short reads. discarded 3 adapter-only reads. discarded 0 N reads. << 這一行在我的data中也會有一些seq被過濾 這一行的過濾動作是什麼意思? 問題有點多，也沒有查到需求的資料 上來問問先進先知 先謝謝各位的幫助了! --

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