各位先知先进大大好 小弟我目前正在努力研究 NGS data 做 metatranscriptomic 上 在处理 data alignment 前利用fastx-toolkit 做QC的动作时候 data中在经由FastQC 工具发现序列中有大量 adapter 存在 似乎影响QC结果 於是想利用fastx-clipper做'切除'的动作 但未果!! 以下用test seq 来表示: test.fastq ---- @test1 CCTTAAGGAAAAAAAAAAGGGGGGGGGG +test1 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test2 CCTTAAGGAAAAAAAAAGGGGGGGGGGG +test2 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test3 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG +test3 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test4 CCTTAAGGTTGACGTGATCGACACCTGG +test4 [[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[ ---- 我所用的command line: fastx_clipper -v -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test Clipping Adapter: CCTTAAGG Min. Length: 5 Input: 4 reads. Output: 1 reads. discarded 0 too-short reads. discarded 3 adapter-only reads. discarded 0 N reads. test ---- @test3 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG +test3 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH ---- 另外不管是用 fastx_clipper -k -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test 或 fastx_clipper -n -a CCTTAAGG -i test.fastq -o test 得到的结果都只是滤掉 而不是做切除 @test1 [CCTTAAGG]AAAAAAAAAAGGGGGGGGGG +test1 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test2 [CCTTAAGG]AAAAAAAAAGGGGGGGGGGG +test2 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH @test4 [CCTTAAGG]TTGACGTGATCGACACCTGG +test4 [[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[ 请问这个工具就是只会做过滤的工作 没办法做到切除adapter吗? 如果没办法，我是不是要把过滤出来的sequence 档案拿出来做另外处理(取代)即可 或是有另外工具可以处理掉呢? 另外 结果 report 中 Clipping Adapter: CCTTAAGG Min. Length: 5 Input: 4 reads. Output: 1 reads. discarded 0 too-short reads. discarded 3 adapter-only reads. discarded 0 N reads. << 这一行在我的data中也会有一些seq被过滤 这一行的过滤动作是什麽意思? 问题有点多，也没有查到需求的资料 上来问问先进先知 先谢谢各位的帮助了! --

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