※ 引述《liuse (充實自己，提昇自己)》之銘言： : ※ 引述《cji4cjp6 (阿QQ)》之銘言： : : 各位好，我最近開始接觸NGS的實驗，做了RNA seq和De novo : : 可是定序回來之後十幾萬筆的資料讓人眼花撩亂 : : 想請教有沒有人也做過類似的實驗或有分析的經驗可以分享? : : 在得到結果後，實驗室老闆說他那邊有幾套軟體可以去做分析 : : 可是在基本設定的部分就遇到了很大的問題 : : 在最低值的部分要設多少? : : 因為軟體不接受0的存在，但沒有表現基因的部分要設多少? : : 看了許多paper0.001,0.01,0.1都有人設 你這裡是在指什麼? P-value? FDR? 如果是指p-value, FDR 沒有設多少的問題 那就是只是機率 : : 做表現量filter的時候有沒有要把多少以下的cut off算是常用的值? : : 或者是那些值有沒有特殊的意義? 你了解sequencing嗎? 表現量有很多表示方法 RPKM/FPKM, Raw counts等等 有沒有特殊意義 當然有..... : : Fold change的時候也是不知道設多少比較好 : : 後來我就隨自己喜歡的用以下設定 : : 0.1=最低值 filter=5 再用50倍Fold change : : 得出來的分析結果很漂亮，分群也很像很符合預期 : : 可是不知道該怎麼解釋這些數值的邏輯... : : 拜託有沒有人知道那些值到底要設多少才好啊? 這問題是要針對你的實驗來討論 分析數據那些threshold都是活的 而且fold-change只是一部分,本身read counts也很重要 以你例子來說 A transcripts: 100 read counts -> 5,000 read counts B transcripts: 10,000 read counts -> 500,000 read counts 同樣是50倍 在生物上意義是不同的 解釋數據全看你生物功力, 只能多念書了 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一顆流星劃過 在預言著什麼】|> --

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