※ 引述《liuse (充实自己，提昇自己)》之铭言： : ※ 引述《cji4cjp6 (阿QQ)》之铭言： : : 各位好，我最近开始接触NGS的实验，做了RNA seq和De novo : : 可是定序回来之後十几万笔的资料让人眼花撩乱 : : 想请教有没有人也做过类似的实验或有分析的经验可以分享? : : 在得到结果後，实验室老板说他那边有几套软体可以去做分析 : : 可是在基本设定的部分就遇到了很大的问题 : : 在最低值的部分要设多少? : : 因为软体不接受0的存在，但没有表现基因的部分要设多少? : : 看了许多paper0.001,0.01,0.1都有人设 你这里是在指什麽? P-value? FDR? 如果是指p-value, FDR 没有设多少的问题 那就是只是机率 : : 做表现量filter的时候有没有要把多少以下的cut off算是常用的值? : : 或者是那些值有没有特殊的意义? 你了解sequencing吗? 表现量有很多表示方法 RPKM/FPKM, Raw counts等等 有没有特殊意义 当然有..... : : Fold change的时候也是不知道设多少比较好 : : 後来我就随自己喜欢的用以下设定 : : 0.1=最低值 filter=5 再用50倍Fold change : : 得出来的分析结果很漂亮，分群也很像很符合预期 : : 可是不知道该怎麽解释这些数值的逻辑... : : 拜托有没有人知道那些值到底要设多少才好啊? 这问题是要针对你的实验来讨论 分析数据那些threshold都是活的 而且fold-change只是一部分,本身read counts也很重要 以你例子来说 A transcripts: 100 read counts -> 5,000 read counts B transcripts: 10,000 read counts -> 500,000 read counts 同样是50倍 在生物上意义是不同的 解释数据全看你生物功力, 只能多念书了 -- ★ミ ζ ○_. /(╯ 【今晚的天空有一颗流星划过 在预言着什麽】|> --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 165.100.189.77 ※ 文章网址: http://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/BioMedInfo/M.1408212431.A.848.html