※ 引述《cji4cjp6 (阿QQ)》之銘言： : 各位好，我最近開始接觸NGS的實驗，做了RNA seq和De novo : 可是定序回來之後十幾萬筆的資料讓人眼花撩亂 : 想請教有沒有人也做過類似的實驗或有分析的經驗可以分享? : 在得到結果後，實驗室老闆說他那邊有幾套軟體可以去做分析 : 可是在基本設定的部分就遇到了很大的問題 : 在最低值的部分要設多少? : 因為軟體不接受0的存在，但沒有表現基因的部分要設多少? : 看了許多paper0.001,0.01,0.1都有人設 : 做表現量filter的時候有沒有要把多少以下的cut off算是常用的值? : 或者是那些值有沒有特殊的意義? : Fold change的時候也是不知道設多少比較好 : 後來我就隨自己喜歡的用以下設定 : 0.1=最低值 filter=5 再用50倍Fold change : 得出來的分析結果很漂亮，分群也很像很符合預期 : 可是不知道該怎麼解釋這些數值的邏輯... : 拜託有沒有人知道那些值到底要設多少才好啊? 假設你是把de novo assembled transcirptome當reference來做RMA-seq mapping的話 我會建議用這幾套軟體(大同小異)做differential expression analysis DESeq2, edgeR, or limma/voom 都是R的package，簡單好用 --

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