※ 引述《cji4cjp6 (阿QQ)》之铭言： : 各位好，我最近开始接触NGS的实验，做了RNA seq和De novo : 可是定序回来之後十几万笔的资料让人眼花撩乱 : 想请教有没有人也做过类似的实验或有分析的经验可以分享? : 在得到结果後，实验室老板说他那边有几套软体可以去做分析 : 可是在基本设定的部分就遇到了很大的问题 : 在最低值的部分要设多少? : 因为软体不接受0的存在，但没有表现基因的部分要设多少? : 看了许多paper0.001,0.01,0.1都有人设 : 做表现量filter的时候有没有要把多少以下的cut off算是常用的值? : 或者是那些值有没有特殊的意义? : Fold change的时候也是不知道设多少比较好 : 後来我就随自己喜欢的用以下设定 : 0.1=最低值 filter=5 再用50倍Fold change : 得出来的分析结果很漂亮，分群也很像很符合预期 : 可是不知道该怎麽解释这些数值的逻辑... : 拜托有没有人知道那些值到底要设多少才好啊? 假设你是把de novo assembled transcirptome当reference来做RMA-seq mapping的话 我会建议用这几套软体(大同小异)做differential expression analysis DESeq2, edgeR, or limma/voom 都是R的package，简单好用 --

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