作者jenny0724 (zz)
看板BioMedInfo
標題[問題] 請教unifrac
時間Wed Mar 26 15:51:06 2014
各位大大好, 因為小的正在研究關於unifrac
有些疑問, 想請教板上大大...
由原文(UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities)
提到的先建立phylogenetic tree然後根據這個tree, 兩兩communities取出
再去計算shared&unshared的branch length就可以得到unifrac value
因為小的資質努頓, 不太能理解文中的branch length是如何得到的?
還請各位前輩提點, 謝謝!
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1F：→ gsuper:兩個不同的 16s rRNA seq , 比較他們的 similarity 03/30 16:04
2F：→ gsuper:越相近者,就代表演化距離越相近,原因在於16s rRNA突變率低 03/30 16:05
3F：→ gsuper:假設取了 N 隻細菌的序列 , 就可計算出 similarity matrix 03/30 16:05
4F：→ gsuper:with NxN space size 03/30 16:07
5F：→ gsuper:懶得講了 總之branch length 差不多就是aligment score 03/30 16:08
6F：→ gsuper:或是你自定義的 similarity 計算方式 03/30 16:08
7F：→ gsuper:兩者的差異在於要不要突顯出 deletion 與 insertion 的罰分 03/30 16:09