作者jenny0724 (zz)
看板BioMedInfo
标题[问题] 请教unifrac
时间Wed Mar 26 15:51:06 2014
各位大大好, 因为小的正在研究关於unifrac
有些疑问, 想请教板上大大...
由原文(UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities)
提到的先建立phylogenetic tree然後根据这个tree, 两两communities取出
再去计算shared&unshared的branch length就可以得到unifrac value
因为小的资质努顿, 不太能理解文中的branch length是如何得到的?
还请各位前辈提点, 谢谢!
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1F：→ gsuper:两个不同的 16s rRNA seq , 比较他们的 similarity 03/30 16:04
2F：→ gsuper:越相近者,就代表演化距离越相近,原因在於16s rRNA突变率低 03/30 16:05
3F：→ gsuper:假设取了 N 只细菌的序列 , 就可计算出 similarity matrix 03/30 16:05
4F：→ gsuper:with NxN space size 03/30 16:07
5F：→ gsuper:懒得讲了 总之branch length 差不多就是aligment score 03/30 16:08
6F：→ gsuper:或是你自定义的 similarity 计算方式 03/30 16:08
7F：→ gsuper:两者的差异在於要不要突显出 deletion 与 insertion 的罚分 03/30 16:09