作者gsuper (Logit(odds))
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標題Fw: [問題] Haplotype 的 EM 演算法 報表解讀
時間Mon Nov 19 17:05:58 2012
※ [本文轉錄自 Statistics 看板 #1GgV7qYI ]
作者: gsuper (Logit(odds)) 看板: Statistics
標題: [問題] Haplotype 的 EM 演算法 報表解讀
時間: Mon Nov 19 16:46:40 2012
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Haplotypes
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snp1 snp2 snp3 hap.freq
1 1 1 1 0.00952
2 1 1 2 0.04884
3 1 2 1 0.90899
4 1 2 2 0.01023
5 2 1 1 0.00219
6 2 1 2 0.00874
7 2 2 1 0.01078
8 2 2 2 0.00070
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Details
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lnlike = -1454.425
lr stat for no LD = 1072.72 , df = 4 ,
p-val = 0
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我餵給 R 的 haplo.stats::
haplo.em() 3 個 genotypes
他跑出來的結果有兩項重點
1. 8種 Haplotypes 的組合 , 以及其估計頻率
2.
p-value of log likehood test
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作者對 p-value 的解釋如下
The final log likehood statistic and the lr stat for no LD,
which is the likelihood ratio test statistic contrasting the lnlike
for the estimated haplotype frequencies versus the lnlike under the
null assuming that alleles from all loci are in linkage equilibrium.
看來看去 , 我還是不能理解 , p-value 顯著究竟代表
1.
有連鎖不平衡
2.
沒有連鎖不平衡
實在是搞不清楚 Null hypothesis 是哪個
懇請有經驗的高手指點
我自己是這樣解讀
"顯著" = "並非所有 genotypes 之間都具有連鎖不平衡的效應"
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正解
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H0 : 在 N 個 SNPs 的 data space 中 , 沒有觀察到任合一組 LD pair
Ha : At least one pair of SNPs are LD
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