作者gsuper (Logit(odds))
看板BioMedInfo
标题Fw: [问题] Haplotype 的 EM 演算法 报表解读
时间Mon Nov 19 17:05:58 2012
※ [本文转录自 Statistics 看板 #1GgV7qYI ]
作者: gsuper (Logit(odds)) 看板: Statistics
标题: [问题] Haplotype 的 EM 演算法 报表解读
时间: Mon Nov 19 16:46:40 2012
================================================================================
Haplotypes
================================================================================
snp1 snp2 snp3 hap.freq
1 1 1 1 0.00952
2 1 1 2 0.04884
3 1 2 1 0.90899
4 1 2 2 0.01023
5 2 1 1 0.00219
6 2 1 2 0.00874
7 2 2 1 0.01078
8 2 2 2 0.00070
================================================================================
Details
================================================================================
lnlike = -1454.425
lr stat for no LD = 1072.72 , df = 4 ,
p-val = 0
-----------
我喂给 R 的 haplo.stats::
haplo.em() 3 个 genotypes
他跑出来的结果有两项重点
1. 8种 Haplotypes 的组合 , 以及其估计频率
2.
p-value of log likehood test
-----------
作者对 p-value 的解释如下
The final log likehood statistic and the lr stat for no LD,
which is the likelihood ratio test statistic contrasting the lnlike
for the estimated haplotype frequencies versus the lnlike under the
null assuming that alleles from all loci are in linkage equilibrium.
看来看去 , 我还是不能理解 , p-value 显着究竟代表
1.
有连锁不平衡
2.
没有连锁不平衡
实在是搞不清楚 Null hypothesis 是哪个
恳请有经验的高手指点
我自己是这样解读
"显着" = "并非所有 genotypes 之间都具有连锁不平衡的效应"
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.113.239.247
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/19 16:47)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/19 16:47)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/19 16:55)
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
※ 转录者: gsuper (140.113.239.247), 时间: 11/19/2012 17:05:58
正解
----------------------------------------------------------------
H0 : 在 N 个 SNPs 的 data space 中 , 没有观察到任合一组 LD pair
Ha : At least one pair of SNPs are LD
----------------------------------------------------------------
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (11/22 15:13)