作者hajimels (阿一)
看板BioMedInfo
標題Re: 來玩玩真的問題好了(原Re: [公告] 新增版規第二條)
時間Sat Apr 7 19:13:58 2012
※ 引述《lingon (林果)》之銘言：
: 我先拋磚引玉先丟個實際遇到的問題讓大家討論看看
: 要不然整天只剩上世紀的問題跟要paper 也不是辦法
: 今天我有十對Tumor/Normal sample pair for cancer X, fresh tissue
: 已經製造了如下:
: 1. 兩對 full genome sequence
: 2. 一對 (Tumor/Normal) RNASeq transcriptome
: 3. 三對 full genome Methylation array
: 4. 兩對 mRNA array
: 目前除了做CNV detection, Differential expression 等較平常的分析外
: 還開始看RNA editing, 除此之外, 不曉得大家有什麼其他可以切入的角度
: 來分析這份資料?
請問上述的sample應該是對應的吧?
看你有提到RNA editing, 應該是有吧?
另外有做sequening的同時, 不知道你們的coverage有多少?
因為coverage決定了能做多少的分析
而且你們上述的data都是不同層次的 可以垂直整合
每個層次都是切入點
例如 DNA single nucletide variation (可信度取決於你的coverage)
-> 是否有影響到RNA的表現量->alterative splicing event是否能在mRNA array上看到
Methylation array也是可以跟RNA的表現量一起看
RNA的表現量同時又可以來看他們互相的調控關係
假設DNMT有mutation, deletion等等, 那methylation array會看到差異
RNA的表現量也會
: ※ 引述《hajimels (阿一)》之銘言：
: : 其實這邊反應著台灣做研究的人對於生資這個領域的態度
: : 生資 = Array.new
: : 生資[0] = "blast"
: : 生資[1] = "ncbi找sequence"
: : 生資[2] = "電腦"
: : 生資[3] = "???"
: : 生資.each do |ability|
: : print "我有一個同學在做生資的,他應該會"+ ability
: : end
: : 以上.....
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★ミ ζ
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【今晚的天空有一顆流星劃過 在預言著什麼】|>
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◆ From: 123.193.225.3
1F：推 lingon:Let's say coverage are all >150X for DNA 04/07 20:29
2F：推 lingon:Pair End RNASeq with 50 million read per sample 04/07 20:37
3F：→ lingon:單一實驗的切入點當然是最直接的, 現在比較傷腦筋的是整合 04/07 20:38
4F：→ lingon:的方式 04/07 20:39
5F：→ hajimels:I've mentioned some integrative directions. 04/08 22:43