作者hajimels (阿一)
看板BioMedInfo
标题Re: 来玩玩真的问题好了(原Re: [公告] 新增版规第二条)
时间Sat Apr 7 19:13:58 2012
※ 引述《lingon (林果)》之铭言：
: 我先抛砖引玉先丢个实际遇到的问题让大家讨论看看
: 要不然整天只剩上世纪的问题跟要paper 也不是办法
: 今天我有十对Tumor/Normal sample pair for cancer X, fresh tissue
: 已经制造了如下:
: 1. 两对 full genome sequence
: 2. 一对 (Tumor/Normal) RNASeq transcriptome
: 3. 三对 full genome Methylation array
: 4. 两对 mRNA array
: 目前除了做CNV detection, Differential expression 等较平常的分析外
: 还开始看RNA editing, 除此之外, 不晓得大家有什麽其他可以切入的角度
: 来分析这份资料?
请问上述的sample应该是对应的吧?
看你有提到RNA editing, 应该是有吧?
另外有做sequening的同时, 不知道你们的coverage有多少?
因为coverage决定了能做多少的分析
而且你们上述的data都是不同层次的 可以垂直整合
每个层次都是切入点
例如 DNA single nucletide variation (可信度取决於你的coverage)
-> 是否有影响到RNA的表现量->alterative splicing event是否能在mRNA array上看到
Methylation array也是可以跟RNA的表现量一起看
RNA的表现量同时又可以来看他们互相的调控关系
假设DNMT有mutation, deletion等等, 那methylation array会看到差异
RNA的表现量也会
: ※ 引述《hajimels (阿一)》之铭言：
: : 其实这边反应着台湾做研究的人对於生资这个领域的态度
: : 生资 = Array.new
: : 生资[0] = "blast"
: : 生资[1] = "ncbi找sequence"
: : 生资[2] = "电脑"
: : 生资[3] = "???"
: : 生资.each do |ability|
: : print "我有一个同学在做生资的,他应该会"+ ability
: : end
: : 以上.....
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★ミ ζ
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【今晚的天空有一颗流星划过 在预言着什麽】|>
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 123.193.225.3
1F：推 lingon:Let's say coverage are all >150X for DNA 04/07 20:29
2F：推 lingon:Pair End RNASeq with 50 million read per sample 04/07 20:37
3F：→ lingon:单一实验的切入点当然是最直接的, 现在比较伤脑筋的是整合 04/07 20:38
4F：→ lingon:的方式 04/07 20:39
5F：→ hajimels:I've mentioned some integrative directions. 04/08 22:43