※ [本文轉錄自 Statistics 看板 #1EjMcjPu ] 作者: gsuper (數理統計-九陽真經) 看板: Statistics 標題: [問題] 卡方檢定的交互作用 時間: Sun Nov 6 00:51:51 2011 ### R code x <- matrix(c(10,4,7,3,12,1,5,2,20),3,3) print(x) 　　 　AA AG GG (SNP1) ---------------- TT | 10 3 5 | | | TC | 4 12 2 | | | CC | 7 1 20 | ---------------- (SNP2) ################################################ 在以上的 table 中 可以很明顯的看到 AA 時常伴隨 TT AG 　　伴隨 TC GG 伴隨 CC 因此兩個 SNPs 的基因型之間 似乎有某種關聯性 (高相關性) ##################################################### 首先基本的是 卡方檢定 or 費雪檢定 > chisq.test(x) Pearson's Chi-squared test data: x X-squared = 32.7978, df = 4, p-value = 1.314e-06 ****************************** > fisher.test(x) Fisher's Exact Test for Count Data data: x p-value = 1.734e-06 alternative hypothesis: two.sided ################################################# 另一種資料格式 y <- rbind(cbind(rep("TT",18), c(rep("AA",10),rep("AG",3) ,rep("GG",5 ))) , cbind(rep("TC",18), c(rep("AA",4) ,rep("AG",12),rep("GG",2 ))) , cbind(rep("CC",28), c(rep("AA",7) ,rep("AG",1) ,rep("GG",20))) ) 可以往以下方向發展 1. ANOVA 2. Logistic regression 3. simple correlation ################################################## 但九宮格內暗藏陷阱 SNP1 , AG type 　　　 AA AG GG A allele : 45.3% ------------------------------ G allele : 54.7% (major allele) |全 = 10 |全 = 3 |全 = 5 | | | | | AA genotype : 45.3% TT |AT = 10 |AT = 3 |GT = 5 | AG genotype : 25.0% |AT = 10 |GT = 3 |GT = 5 | GG genotype : 42.2% | | | | -----------------------------| |全 = 4 |全 = 12 |全 = 2 | | |AT = a | | TC |AT = 4 |AC = b |GT = 2 | |AC = 4 |GT = 12-a |GC = 2 | | |GC = 12-b | | -----------------------------| |全 = 7 |全 = 1 |全 = 20 | | | | | CC |AC = 7 |AC = 1 |GC = 20 | |AC = 7 |GC = 1 |GC = 20 | | | | | ------------------------------ SNP2 , TC type T allele : 42.2% C allele : 57.8% (major allele) TT genotype : 28.1% TC genotype : 28.1% CC genotype : 43.8% ############################################# 從以上的 table 可以得知 當兩個 SNPs 的異型合子比例越大 a 與 b 的影響越大 上述的計算方法會失準 而且當兩者的異合子比例同時都很大時 統計結果會導致完全的 misleading! ############################################# 計算９格的 Haplotye 頻率分佈 #(九格) ---------------- Hap1(AT) | 27 + a | Hap2(GT) | 15 + (12-a) | Hap3(AC) | 19 + b | Hap4(GC) | 43 + (12-b) | ---------------- 若忽略中間 cells , 計算８格的 Haplotye 頻率分佈 #(只算8格) % ---------------------- Hap1(AT) | 27 | 30.0 | Hap2(GT) | 15　　| 14.4 | Hap3(AC) | 19 | 18.3 | Hap4(GC) | 43 | 41.3 | ---------------------- ################################################## 問題: 是否存在某種最大概似機率 可以用上述的各種頻率資料 估計 a 和 b 的最可能個數 ? 因為標準的 r^2 或 D' 都需要計算一個 D D = Obs_freq( Hap4[GC] ) - Exp_freq( Hap4[GC] ) 而 Hap4[GC] 的數量 又必須要有 a 或 b 值才能計算 -- 祭頌后靈的騎士道與白主教穩守黃金鄉 邊境兵躁動自高自大妄入堡壘 黑主教冷靜人格分裂 籠城王與雙子戰塔一籌莫展 掌握無限的魔女喚醒躺下的靈魂 --

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.239.247 ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 00:53) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 00:58) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 00:59) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:01) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:13) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:26) ※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (11/06 01:27)

※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ※ 轉錄者: gsuper (140.113.239.247), 時間: 11/06/2011 19:42:34