※ [本文转录自 Statistics 看板 #1EjMcjPu ] 作者: gsuper (数理统计-九阳真经) 看板: Statistics 标题: [问题] 卡方检定的交互作用 时间: Sun Nov 6 00:51:51 2011 ### R code x <- matrix(c(10,4,7,3,12,1,5,2,20),3,3) print(x) 　　 　AA AG GG (SNP1) ---------------- TT | 10 3 5 | | | TC | 4 12 2 | | | CC | 7 1 20 | ---------------- (SNP2) ################################################ 在以上的 table 中 可以很明显的看到 AA 时常伴随 TT AG 　　伴随 TC GG 伴随 CC 因此两个 SNPs 的基因型之间 似乎有某种关联性 (高相关性) ##################################################### 首先基本的是 卡方检定 or 费雪检定 > chisq.test(x) Pearson's Chi-squared test data: x X-squared = 32.7978, df = 4, p-value = 1.314e-06 ****************************** > fisher.test(x) Fisher's Exact Test for Count Data data: x p-value = 1.734e-06 alternative hypothesis: two.sided ################################################# 另一种资料格式 y <- rbind(cbind(rep("TT",18), c(rep("AA",10),rep("AG",3) ,rep("GG",5 ))) , cbind(rep("TC",18), c(rep("AA",4) ,rep("AG",12),rep("GG",2 ))) , cbind(rep("CC",28), c(rep("AA",7) ,rep("AG",1) ,rep("GG",20))) ) 可以往以下方向发展 1. ANOVA 2. Logistic regression 3. simple correlation ################################################## 但九宫格内暗藏陷阱 SNP1 , AG type 　　　 AA AG GG A allele : 45.3% ------------------------------ G allele : 54.7% (major allele) |全 = 10 |全 = 3 |全 = 5 | | | | | AA genotype : 45.3% TT |AT = 10 |AT = 3 |GT = 5 | AG genotype : 25.0% |AT = 10 |GT = 3 |GT = 5 | GG genotype : 42.2% | | | | -----------------------------| |全 = 4 |全 = 12 |全 = 2 | | |AT = a | | TC |AT = 4 |AC = b |GT = 2 | |AC = 4 |GT = 12-a |GC = 2 | | |GC = 12-b | | -----------------------------| |全 = 7 |全 = 1 |全 = 20 | | | | | CC |AC = 7 |AC = 1 |GC = 20 | |AC = 7 |GC = 1 |GC = 20 | | | | | ------------------------------ SNP2 , TC type T allele : 42.2% C allele : 57.8% (major allele) TT genotype : 28.1% TC genotype : 28.1% CC genotype : 43.8% ############################################# 从以上的 table 可以得知 当两个 SNPs 的异型合子比例越大 a 与 b 的影响越大 上述的计算方法会失准 而且当两者的异合子比例同时都很大时 统计结果会导致完全的 misleading! ############################################# 计算９格的 Haplotye 频率分布 #(九格) ---------------- Hap1(AT) | 27 + a | Hap2(GT) | 15 + (12-a) | Hap3(AC) | 19 + b | Hap4(GC) | 43 + (12-b) | ---------------- 若忽略中间 cells , 计算８格的 Haplotye 频率分布 #(只算8格) % ---------------------- Hap1(AT) | 27 | 30.0 | Hap2(GT) | 15　　| 14.4 | Hap3(AC) | 19 | 18.3 | Hap4(GC) | 43 | 41.3 | ---------------------- ################################################## 问题: 是否存在某种最大概似机率 可以用上述的各种频率资料 估计 a 和 b 的最可能个数 ? 因为标准的 r^2 或 D' 都需要计算一个 D D = Obs_freq( Hap4[GC] ) - Exp_freq( Hap4[GC] ) 而 Hap4[GC] 的数量 又必须要有 a 或 b 值才能计算 -- 祭颂后灵的骑士道与白主教稳守黄金乡 边境兵躁动自高自大妄入堡垒 黑主教冷静人格分裂 笼城王与双子战塔一筹莫展 掌握无限的魔女唤醒躺下的灵魂 --

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