作者yihua1224 (樺)
看板BioMedInfo
標題[問題] 想找protein有沒有signal peptide??
時間Sun Sep 11 16:02:31 2011
因為實驗的需要想試著找一個protein序列中是否有signal peptide
爬文後有使用過"SignalP 3.0 Server"預測出來的結果是沒有
Sequence
Prediction: Non-secretory protein
Signal peptide probability: 0.000
Signal anchor probability: 0.000
但是我有試著把從SPdb下載的序列插入protein後使用"SignalP 3.0 Server"
發現其實也沒有辦法認出來 ~ (所以我有點懷疑"SignalP 3.0 Server預測的能力)
(不知道這樣做control對不對 XD )
我現在手邊有protein的序列 & 從SPdb來的所有人類signal peptides
希望能否有大大可以教我直接利用現有資訊找出我的目標protein中
是否有包含3242個signal peptides任何之一！！
ps. 我是剛接觸實驗的新手，對bioinfo也不是很熟悉，所以應該很多想法
都蠻奇怪的(土法煉鋼)，希望版上的大大們可以盡量指證不恰當的地方！！
謝謝大家^^s
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 218.166.12.125
1F：推 thelibertine:signal peptide的位置也會影響他的預測結果 09/23 14:13
2F：→ thelibertine:所以隨便插入是不行的 09/23 14:13