作者yihua1224 (桦)
看板BioMedInfo
标题[问题] 想找protein有没有signal peptide??
时间Sun Sep 11 16:02:31 2011
因为实验的需要想试着找一个protein序列中是否有signal peptide
爬文後有使用过"SignalP 3.0 Server"预测出来的结果是没有
Sequence
Prediction: Non-secretory protein
Signal peptide probability: 0.000
Signal anchor probability: 0.000
但是我有试着把从SPdb下载的序列插入protein後使用"SignalP 3.0 Server"
发现其实也没有办法认出来 ~ (所以我有点怀疑"SignalP 3.0 Server预测的能力)
(不知道这样做control对不对 XD )
我现在手边有protein的序列 & 从SPdb来的所有人类signal peptides
希望能否有大大可以教我直接利用现有资讯找出我的目标protein中
是否有包含3242个signal peptides任何之一！！
ps. 我是刚接触实验的新手，对bioinfo也不是很熟悉，所以应该很多想法
都蛮奇怪的(土法炼钢)，希望版上的大大们可以尽量指证不恰当的地方！！
谢谢大家^^s
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 218.166.12.125
1F：推 thelibertine:signal peptide的位置也会影响他的预测结果 09/23 14:13
2F：→ thelibertine:所以随便插入是不行的 09/23 14:13