作者wadasiha (wadasiha)
看板BioMedInfo
標題[問題] open reading finder
時間Thu Jun 23 20:01:03 2011
請問各位大大
將一條genomic DNA 序列以NCBI ORF 結果如下
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi
想請問該選擇哪一條ORF
請問選的是exon最多者或是長度最長者???
謝謝~
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.183.115
1F：→ windincloud:看不到東西耶~ 06/23 20:03
2F：→ jojojazz:應該是看你的目的,如果是要找較可信的,就參考CCDS及EST 06/23 20:06
3F：→ jojojazz:evidence, 如果要找major form,一般是找ORFs能轉出最長蛋 06/23 20:08
4F：→ jojojazz:白質的那條.. 所以還是取決在你的目的 06/23 20:09
5F：→ jojojazz:註:CCDS目前應該只支持mouse & human 06/23 20:11
7F：→ wadasiha:請問是該選擇-1這條frame(因其能轉錄最長的蛋白質)? 06/23 20:19
8F：→ jojojazz:如果你要找major form的話,直接找最長的 06/23 20:23
9F：→ wadasiha:繼續點blastp是否就能得知其所比對出來蛋白質呢? 06/23 20:28
10F：→ jojojazz:是的.. 06/23 20:33