作者wadasiha (wadasiha)
看板BioMedInfo
标题[问题] open reading finder
时间Thu Jun 23 20:01:03 2011
请问各位大大
将一条genomic DNA 序列以NCBI ORF 结果如下
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/orfig.cgi
想请问该选择哪一条ORF
请问选的是exon最多者或是长度最长者???
谢谢~
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.183.115
1F：→ windincloud:看不到东西耶~ 06/23 20:03
2F：→ jojojazz:应该是看你的目的,如果是要找较可信的,就参考CCDS及EST 06/23 20:06
3F：→ jojojazz:evidence, 如果要找major form,一般是找ORFs能转出最长蛋 06/23 20:08
4F：→ jojojazz:白质的那条.. 所以还是取决在你的目的 06/23 20:09
5F：→ jojojazz:注:CCDS目前应该只支持mouse & human 06/23 20:11
7F：→ wadasiha:请问是该选择-1这条frame(因其能转录最长的蛋白质)? 06/23 20:19
8F：→ jojojazz:如果你要找major form的话,直接找最长的 06/23 20:23
9F：→ wadasiha:继续点blastp是否就能得知其所比对出来蛋白质呢? 06/23 20:28
10F：→ jojojazz:是的.. 06/23 20:33