作者M5 (我很快)
看板BioMedInfo
標題[工具] NCBI可以查基因的註解嗎
時間Mon May 16 01:11:39 2011
最近因為研究需要基因上的註解資料
譬如給定一個人類上的基因
那有辦法在NCBI上
查詢到這個基因Exon和Intron間的註解是哪些核甘酸嗎?
PS:
我目前只想到利用ClustalW
以此基因的序列當作reference sequence
來和此基因的mRNA作多重序列比對
不知道這樣得到的splice site會正確嗎??
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 111.252.74.169
1F：→ windincloud:記得沒錯~ 你先將此序列調出來後 可以看GenBank file 05/16 19:58
2F：→ windincloud:這樣應該可以調的到 protein seq. 05/16 19:59
3F：→ M5:但我要的是在EXON和INTRON間的DNA序列 用protein seq反推回DNA? 05/22 16:46
4F：→ windincloud:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/mapview/ 05/24 09:59
5F：→ windincloud:試看看裡面有沒有gene model標註的gff檔然後再推出你 05/24 10:00
6F：→ windincloud:要的intergenic data (我先前以為你要protein seq.去 05/24 10:02
7F：→ windincloud:反推~ XDD 05/24 10:02