作者M5 (我很快)
看板BioMedInfo
标题[工具] NCBI可以查基因的注解吗
时间Mon May 16 01:11:39 2011
最近因为研究需要基因上的注解资料
譬如给定一个人类上的基因
那有办法在NCBI上
查询到这个基因Exon和Intron间的注解是哪些核甘酸吗?
PS:
我目前只想到利用ClustalW
以此基因的序列当作reference sequence
来和此基因的mRNA作多重序列比对
不知道这样得到的splice site会正确吗??
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 111.252.74.169
1F：→ windincloud:记得没错~ 你先将此序列调出来後 可以看GenBank file 05/16 19:58
2F：→ windincloud:这样应该可以调的到 protein seq. 05/16 19:59
3F：→ M5:但我要的是在EXON和INTRON间的DNA序列 用protein seq反推回DNA? 05/22 16:46
4F：→ windincloud:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/mapview/ 05/24 09:59
5F：→ windincloud:试看看里面有没有gene model标注的gff档然後再推出你 05/24 10:00
6F：→ windincloud:要的intergenic data (我先前以为你要protein seq.去 05/24 10:02
7F：→ windincloud:反推~ XDD 05/24 10:02