※ 引述《kzvito (HOW)》之銘言： : 原po現在在作的是預測protein seqeuence上， : 有哪些是會去interact的residue。 : 所以開始需要一些整理過的data set， : 但是在PLoS之類的地方， : paper好像都不會把自己的data set放上去， : 請問如果有作相關題目的人，或者有些瞭解的板大， : 除了寫信找paper作者， : 還有乾脆自己去PDB之類的資料庫抓protein來自己整理外， : 還有沒有什麼途徑可以找已經有人整理過的data set呢？ : ps如果有作類似的，歡迎交流一下~ Sorry~ 有點久才回這篇 首先，我想先說一下 "生物是一種活的科學"， 無時無刻都有可能發生改變與演進 因此在如何做資料收集也就會特別的重要 收集資料 不外乎就由paper上的資料或是自己找 paper上的資料又分兩種 一種是幫你整理得好好的給你下載 另一種就是跟你講他是怎得到的，言下之意就是請您去手動到相關的bio. DB去找尋， 但跟自己找的差異是 => 他已經跟你講他抓的規則是怎樣 不過我想說的重點不在於此，而是該找尋怎樣的data set才是自己要的 要找data set之前得先定義你是要做怎樣的題目，不同的定義、不同的題目。 在不同的時間點所抓的資料也會有所不同。 舉你想要做的題目來說，你想要做的是protein interaction residue. 這時就要先定義何謂protein interaction residue? residue要與作用物上距離多少才算是有interaction? 再來這題目又可細分是要找protein protein interaction? 還是Zinc binding...... 因此你會根據你不同的需求去建立你所找尋的規則，進而得到你所需要的資料。 或許你會說那我直接引用別人的就好啦~ 但是我開宗明義就說明一件事 ─ 生物是活的！ 所以你需要確認現在這資料是不是最新的！ 不同的時間，同樣的條件下，所得的資料也是會有些出入的。 嗯~ 講得好像有點嚴肅 這邊只是講講自己以前收集資料的一些小經驗這樣。 還有就算是拿別人的資料，最好還是能自己先判斷，因為有時也會有誤， 不論是排版錯誤，文章誤植......等。 大概是這樣囉~ --

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