[恕刪] : : 2.Tagger的視窗下 : : 設定aggressive tagging : : (pairwise tagging only, use 2-marker haplotypes, use 2- and 3-marker : : haplotypes) : : 各有什麼意義? : tagging是用一個SNP的allele去tag另一個SNP的allele. : 舉例來說, : SNP1 的A allele 和SNP2 的T allele必定同時出現的話, : 那我們只需要genotype SNP1就可以獲得SNP1 和SNP2的所有資訊. : 在這個例子中, SNP1 和SNP2 就是pairwise tagging. : 再舉一個例子, : 若SNP3-T allele 和 SNP4-A allele 所形成的haplotype, : 必定和SNP5的G allele同時出現, : 則我們可以用SNP3加SNP4來tag SNP5, : 這可以稱為2-marker haplotype tagging. : multiple marker tagging (相較pairwise tagging)的問題是: : 1. 要多genotype 一些marker : 2. 帶有特定haplotype的樣本可能不多,tagging的效果可能不好 [恕刪] 針對multi-marker的部份，我再多做一些補充，根據所讀到的paper為依據。 忘記是從哪一篇文章中看到實驗數據(等挖出來後會再補上)，3-marker與4-marker 所得的結果相近，但是4-marker需要更多的運算時間去完成。而5-marker以上 就顯得不是那麼樣的有意義了。 因此該篇文章的論是，一般研究而言，作到3-marker就很夠用了，再上去就不太 符合時間成本，因為進步的空間不太顯著。 另外感謝e大的回文，讓我終於想通multi-marker的用意在哪。原來我的思維被困在 pair-wise LD取得block上，所以一直無法理解multi-marker的好處 XD --

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