[恕删] : : 2.Tagger的视窗下 : : 设定aggressive tagging : : (pairwise tagging only, use 2-marker haplotypes, use 2- and 3-marker : : haplotypes) : : 各有什麽意义? : tagging是用一个SNP的allele去tag另一个SNP的allele. : 举例来说, : SNP1 的A allele 和SNP2 的T allele必定同时出现的话, : 那我们只需要genotype SNP1就可以获得SNP1 和SNP2的所有资讯. : 在这个例子中, SNP1 和SNP2 就是pairwise tagging. : 再举一个例子, : 若SNP3-T allele 和 SNP4-A allele 所形成的haplotype, : 必定和SNP5的G allele同时出现, : 则我们可以用SNP3加SNP4来tag SNP5, : 这可以称为2-marker haplotype tagging. : multiple marker tagging (相较pairwise tagging)的问题是: : 1. 要多genotype 一些marker : 2. 带有特定haplotype的样本可能不多,tagging的效果可能不好 [恕删] 针对multi-marker的部份，我再多做一些补充，根据所读到的paper为依据。 忘记是从哪一篇文章中看到实验数据(等挖出来後会再补上)，3-marker与4-marker 所得的结果相近，但是4-marker需要更多的运算时间去完成。而5-marker以上 就显得不是那麽样的有意义了。 因此该篇文章的论是，一般研究而言，作到3-marker就很够用了，再上去就不太 符合时间成本，因为进步的空间不太显着。 另外感谢e大的回文，让我终於想通multi-marker的用意在哪。原来我的思维被困在 pair-wise LD取得block上，所以一直无法理解multi-marker的好处 XD --

※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc) ◆ From: 203.158.52.23 ※ 编辑: ChelseaFC 来自: 203.158.52.23 (07/26 23:50)