作者karlsxxkimo (潁玥)
看板BioMedInfo
標題[問題] 如何搜尋與motif相關的樣本資料?
時間Wed Apr 14 18:29:40 2010
想請問一下各位高手，哪裡可以找到尋找與MOTIF相關比對樣本?!並有motif的答案!!
只想針對ATCG四個鹼基作探討!
或是如何在PubMed、EBI、NCBI、EMRL....等搜尋與Motif相關的比對樣本?
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◆ From: 140.127.189.99
1F：→ angleevil:比對序列資料的話,blast.如果是三級結構的話,很難去比 04/14 23:05
※ 編輯: karlsxxkimo 來自: 140.127.189.99 (04/15 16:30)
2F：→ astar:我發現我看不懂你的問題。"與MOTIF相關比對樣本"? 04/17 19:31
3F：→ astar:通常motif這個字是用在protein motif上。DNA序列大部分是 04/17 19:32
4F：→ astar:用regulatory element之類的字。當然也不是完全沒有人講 04/17 19:33
5F：→ astar:DNA motif 啦。 04/17 19:33
6F：→ gsuper:去看看 MEME 這個軟體 04/19 12:38
7F：→ angleevil:其實NCBI裡面只負責收集序列,motif有很多種,你應該是先 04/20 22:52
8F：→ angleevil:確定你要哪種motif,ex:ESE or ESS,這樣才會找到資料 04/20 22:53
9F：→ angleevil:meme其實比較算是拿篩選過後的序列去預測motif,真的要 04/20 22:54
10F：→ angleevil:用它,還是要先搞懂自己到底想幹麼,要什麼資料? 04/20 22:55
11F：→ angleevil:真實實驗的資料?預測的資料?pfam or meme是不錯的預測 04/20 22:57
12F：→ angleevil:軟體,但是前提是你的目的是什麼?不要亂搞,會延畢的 04/20 22:58
13F：推 Zing119:如果你說的是DNA binding protein(TF等) 的binding motif 04/25 03:29
14F：→ Zing119:可以到TRANSFAC之類的資料庫找PFM資料 然後用PATSER做scan 04/25 03:29
15F：→ Zing119:重點還是請把想問的問題說清楚.. 04/25 03:30