作者karlsxxkimo (颍玥)
看板BioMedInfo
标题[问题] 如何搜寻与motif相关的样本资料?
时间Wed Apr 14 18:29:40 2010
想请问一下各位高手，哪里可以找到寻找与MOTIF相关比对样本?!并有motif的答案!!
只想针对ATCG四个硷基作探讨!
或是如何在PubMed、EBI、NCBI、EMRL....等搜寻与Motif相关的比对样本?
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◆ From: 140.127.189.99
1F：→ angleevil:比对序列资料的话,blast.如果是三级结构的话,很难去比 04/14 23:05
※ 编辑: karlsxxkimo 来自: 140.127.189.99 (04/15 16:30)
2F：→ astar:我发现我看不懂你的问题。"与MOTIF相关比对样本"? 04/17 19:31
3F：→ astar:通常motif这个字是用在protein motif上。DNA序列大部分是 04/17 19:32
4F：→ astar:用regulatory element之类的字。当然也不是完全没有人讲 04/17 19:33
5F：→ astar:DNA motif 啦。 04/17 19:33
6F：→ gsuper:去看看 MEME 这个软体 04/19 12:38
7F：→ angleevil:其实NCBI里面只负责收集序列,motif有很多种,你应该是先 04/20 22:52
8F：→ angleevil:确定你要哪种motif,ex:ESE or ESS,这样才会找到资料 04/20 22:53
9F：→ angleevil:meme其实比较算是拿筛选过後的序列去预测motif,真的要 04/20 22:54
10F：→ angleevil:用它,还是要先搞懂自己到底想干麽,要什麽资料? 04/20 22:55
11F：→ angleevil:真实实验的资料?预测的资料?pfam or meme是不错的预测 04/20 22:57
12F：→ angleevil:软体,但是前提是你的目的是什麽?不要乱搞,会延毕的 04/20 22:58
13F：推 Zing119:如果你说的是DNA binding protein(TF等) 的binding motif 04/25 03:29
14F：→ Zing119:可以到TRANSFAC之类的资料库找PFM资料 然後用PATSER做scan 04/25 03:29
15F：→ Zing119:重点还是请把想问的问题说清楚.. 04/25 03:30