作者gsuper (統計的巴比倫塔)
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標題[問題] 請問 illumina beadArray 的 data 格式
時間Tue Jan 26 21:38:36 2010
1. 請問 beadArray 的 rawData 是什麼檔案格式?
(比方說 affy 的起點是 cel 檔居多)
2. 然後就是 illumina自己出的 "beadStudio" 是一定要用的嗎?
3. "beadStudio" 是否已改版成 "genomeStudio"?
4. 若想用 R 分析 , 要從哪種檔案格式開始?
5. 我在 GEO 抓了一份資料(用SNPs為關鍵字) ,
請問以下的 data 是否為 SNPs array?
因為我感覺跟我幻想的一堆 ATCG 的 data 有點出入 , 所以很不確定
ID_REF 5498 Detection Pvalue 5499 Detection Pvalue 5481
ILMN_1802380 429.55 0 532.21 0 512.98
ILMN_1893287 57.94 0.22 60.38 0.22 59.47
ILMN_1736104 49.29 0.78 49.25 0.87 60.55
ILMN_1792389 106.03 0 70.48 0.03 58.97
ILMN_1854015 67.46 0.03 68.09 0.04 58.89
ILMN_1904757 51.43 0.64 53.8 0.63 60.49
ILMN_1740305 49.82 0.76 50.94 0.8 48.68
ILMN_1665168 42.01 0.99 51.03 0.79 53.87
ILMN_2375156 70.55 0.01 93.58 0 86.54
聽起來都不難查
不過我查不到完整的流程
想跟大家求點輪括性的概念
萬分感激
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◆ From: 140.113.239.247
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※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (01/26 21:58)
※ 編輯: gsuper 來自: 140.113.239.247 (01/26 22:00)
1F：推 hajimels:印象中是要用BeadStudio才能轉成其他格式 不過你可以要求 01/26 23:18
2F：→ hajimels:廠商給你需要的格式 (印象中之前他們人來是這說拉= =|| 01/26 23:19
目前是看到兩種 data type
1.
bead-level data (raw data)
2.
bead summary data (after BeadStudio 處理)
可是我不能確定這是 SNPs array data
或是 gene expression profile data
又或是 Both
R軟體的 paackges
都只做 data(xxxxx)
我沒有看到有提供實體檔案的
而且我也不知道在 GEO 上哪些 data 是我要抓的
好苦惱阿
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3F：推 hajimels:SNP跟gene expression問的問題不一樣呀 02/02 10:56
4F：→ hajimels:看一下data的說明或是用其data published的paper 02/02 10:56
5F：→ hajimels:應該會有寫吧 不然GEO的matrix file 也會有註明 02/02 10:57