作者gsuper (统计的巴比伦塔)
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标题[问题] 请问 illumina beadArray 的 data 格式
时间Tue Jan 26 21:38:36 2010
1. 请问 beadArray 的 rawData 是什麽档案格式?
(比方说 affy 的起点是 cel 档居多)
2. 然後就是 illumina自己出的 "beadStudio" 是一定要用的吗?
3. "beadStudio" 是否已改版成 "genomeStudio"?
4. 若想用 R 分析 , 要从哪种档案格式开始?
5. 我在 GEO 抓了一份资料(用SNPs为关键字) ,
请问以下的 data 是否为 SNPs array?
因为我感觉跟我幻想的一堆 ATCG 的 data 有点出入 , 所以很不确定
ID_REF 5498 Detection Pvalue 5499 Detection Pvalue 5481
ILMN_1802380 429.55 0 532.21 0 512.98
ILMN_1893287 57.94 0.22 60.38 0.22 59.47
ILMN_1736104 49.29 0.78 49.25 0.87 60.55
ILMN_1792389 106.03 0 70.48 0.03 58.97
ILMN_1854015 67.46 0.03 68.09 0.04 58.89
ILMN_1904757 51.43 0.64 53.8 0.63 60.49
ILMN_1740305 49.82 0.76 50.94 0.8 48.68
ILMN_1665168 42.01 0.99 51.03 0.79 53.87
ILMN_2375156 70.55 0.01 93.58 0 86.54
听起来都不难查
不过我查不到完整的流程
想跟大家求点轮括性的概念
万分感激
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◆ From: 140.113.239.247
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (01/26 21:57)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (01/26 21:58)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (01/26 21:58)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (01/26 21:58)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (01/26 22:00)
1F：推 hajimels:印象中是要用BeadStudio才能转成其他格式 不过你可以要求 01/26 23:18
2F：→ hajimels:厂商给你需要的格式 (印象中之前他们人来是这说拉= =|| 01/26 23:19
目前是看到两种 data type
1.
bead-level data (raw data)
2.
bead summary data (after BeadStudio 处理)
可是我不能确定这是 SNPs array data
或是 gene expression profile data
又或是 Both
R软体的 paackges
都只做 data(xxxxx)
我没有看到有提供实体档案的
而且我也不知道在 GEO 上哪些 data 是我要抓的
好苦恼阿
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (02/01 17:43)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (02/01 17:46)
※ 编辑: gsuper 来自: 140.113.239.247 (02/01 17:47)
3F：推 hajimels:SNP跟gene expression问的问题不一样呀 02/02 10:56
4F：→ hajimels:看一下data的说明或是用其data published的paper 02/02 10:56
5F：→ hajimels:应该会有写吧 不然GEO的matrix file 也会有注明 02/02 10:57