能再問一些問題嗎? ----------------------------------------- Q1: 在 affy 的 u133plus2 晶片 有 130 萬個 probe cells 經過 preprocessing 剩下 54675 個 probesets 平均每個基因有 2 個 probesets 大致看了一下 range 為 1~7 個 probesets per gene 如果 probesets 的結果衝突怎麼辦? 用投票決定好像不是好方法 必竟每個 probeset 的份量都很重 , 1:2 為顯著 , 2:1 為不顯著 實在太武斷了 ---------------------------------------- Q二 : 我是用 double filter 做 Inference FC > 1.5 , paired t < 0.05*2 / 54675 (不知道為什麼 , 不取FDR就有數百個顯著) 因為我是 pair data 且實驗目的只要找顯著大的 請問 paired data 有必要做 SAM 或 Bayesian inference 嗎? 我想 paired t 的有效性應該很不錯 用上述兩種可能會拿牛刀殺雞 不知道這樣想對不對? --------------------------------------- Q3 : 在 R 的 packages "siggenes" 中 d.stat() 的結果每次都不同 (這是一個t.test的函式 , 可 pair or unpair) 我猜是因為加入了 permutation 的概念 但結果也差太多了 我選了 2600 個 receptors 來分析 有時後有 500 個顯著 有時後有 300 個顯著 請問有辦法解決嗎? 還是我該跑一萬次取平均 P-value??? ------------------------------------- 不好意思專問些難題..... -- --

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