能再问一些问题吗? ----------------------------------------- Q1: 在 affy 的 u133plus2 晶片 有 130 万个 probe cells 经过 preprocessing 剩下 54675 个 probesets 平均每个基因有 2 个 probesets 大致看了一下 range 为 1~7 个 probesets per gene 如果 probesets 的结果冲突怎麽办? 用投票决定好像不是好方法 必竟每个 probeset 的份量都很重 , 1:2 为显着 , 2:1 为不显着 实在太武断了 ---------------------------------------- Q二 : 我是用 double filter 做 Inference FC > 1.5 , paired t < 0.05*2 / 54675 (不知道为什麽 , 不取FDR就有数百个显着) 因为我是 pair data 且实验目的只要找显着大的 请问 paired data 有必要做 SAM 或 Bayesian inference 吗? 我想 paired t 的有效性应该很不错 用上述两种可能会拿牛刀杀鸡 不知道这样想对不对? --------------------------------------- Q3 : 在 R 的 packages "siggenes" 中 d.stat() 的结果每次都不同 (这是一个t.test的函式 , 可 pair or unpair) 我猜是因为加入了 permutation 的概念 但结果也差太多了 我选了 2600 个 receptors 来分析 有时後有 500 个显着 有时後有 300 个显着 请问有办法解决吗? 还是我该跑一万次取平均 P-value??? ------------------------------------- 不好意思专问些难题..... -- --

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