作者Phaeton (凰呀的鳴叫~)
看板BioMedInfo
標題[問題] 請問該如何將兩個蛋白質的PDB FILE 疊在一起？
時間Fri Oct 16 14:42:04 2009
手上有兩個PDB 檔案
分別是A蛋白和B蛋白
請問我可以利用SWISS PDB VIEWER做SUPERIMPOSE
（我在GOOGLE有看到可以用FIT 可是沒辦法和C檔案比較）
來看形成COMPLEX的結構？
另外 若已知有COMPLEX的PDB結構檔C
可以再和我自己預測出來的AB-COMPLEX 檔案D與C做比較
並藉由軟體可以得到兩者差異？
PS 這雖然是作業
但是希望有會的版友可以告訴怎麼下手
並且給我一些訊息
關於可以用什麼其他免費的軟體
謝謝
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.77.155
1F：→ windincloud:我記得以前都是手動標的說 有人有好的方法嗎? 10/16 20:36
2F：→ angleevil:pdb的檔案一直很亂,不過你可以試試看pdb,software 10/16 23:47
3F：→ angleevil:這兩個關鍵字在google和bind.因為pdb很常用而且又複雜 10/16 23:48
4F：→ angleevil:所以一定有很多人會分享應用程式,只是看自己怎麼找關鍵 10/16 23:49
5F：→ kenshin1:VMD 10/19 00:59
6F：→ rebredoxin:SWISS PDB VIEWER 把兩個結構打開，直接 Fit-->Magic 10/19 10:59
7F：→ rebredoxin:Fit 即可。這是最方便的方式，若你有特別區域要疊合， 10/19 11:00
8F：→ rebredoxin:可選Fit molecule (from selection) 10/19 11:01
9F：→ Phaeton:我後來是用pymol swisspdb也有用 謝謝 10/25 11:44
10F：→ Phaeton:swiss用的就是樓上的方法 10/25 11:44