作者Phaeton (凰呀的鸣叫~)
看板BioMedInfo
标题[问题] 请问该如何将两个蛋白质的PDB FILE 叠在一起？
时间Fri Oct 16 14:42:04 2009
手上有两个PDB 档案
分别是A蛋白和B蛋白
请问我可以利用SWISS PDB VIEWER做SUPERIMPOSE
（我在GOOGLE有看到可以用FIT 可是没办法和C档案比较）
来看形成COMPLEX的结构？
另外 若已知有COMPLEX的PDB结构档C
可以再和我自己预测出来的AB-COMPLEX 档案D与C做比较
并藉由软体可以得到两者差异？
PS 这虽然是作业
但是希望有会的版友可以告诉怎麽下手
并且给我一些讯息
关於可以用什麽其他免费的软体
谢谢
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.77.155
1F：→ windincloud:我记得以前都是手动标的说 有人有好的方法吗? 10/16 20:36
2F：→ angleevil:pdb的档案一直很乱,不过你可以试试看pdb,software 10/16 23:47
3F：→ angleevil:这两个关键字在google和bind.因为pdb很常用而且又复杂 10/16 23:48
4F：→ angleevil:所以一定有很多人会分享应用程式,只是看自己怎麽找关键 10/16 23:49
5F：→ kenshin1:VMD 10/19 00:59
6F：→ rebredoxin:SWISS PDB VIEWER 把两个结构打开，直接 Fit-->Magic 10/19 10:59
7F：→ rebredoxin:Fit 即可。这是最方便的方式，若你有特别区域要叠合， 10/19 11:00
8F：→ rebredoxin:可选Fit molecule (from selection) 10/19 11:01
9F：→ Phaeton:我後来是用pymol swisspdb也有用 谢谢 10/25 11:44
10F：→ Phaeton:swiss用的就是楼上的方法 10/25 11:44