作者asolitary (天→豬)
看板BioMedInfo
標題[問題] 關於alignment
時間Thu Jul 30 01:44:25 2009
我有個軟體的問體想請問一下
我們平常比對序列用的軟體像是ncbi或是expasy之類的
它們大部份都會幫你的序列做最好的優化之後
再秀給你最大相似程度的比對圖
但是我今天如果是不想要它幫我做最好的優化
直接從第一個序列開始比對的話
不知道有沒有這種軟體的網站
或者是像在ebi那裡可以直接改參數呢??
如果可以直接改的話~~不知道可以教我一下改那個就可以用了呢
p.s. 我完全沒寫過程式~都看不太懂上面的參數是什麼意思
只是想拿這工具來用就好~希望各位不要見怪^^"
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◆ From: 118.170.207.224
1F：→ windincloud:我無法理解你的意思~ ncbi 本來就由第一條開始比呀~ 07/30 02:06
2F：→ windincloud:還是說你要local align? or global align? 07/30 02:07
3F：→ windincloud:想了解那些參數意義 可以先看些align algorithm 07/30 02:08
4F：→ asolitary:我的第一個序列是指兩兩比對出來的第一個蛋白~~ 07/30 02:14
5F：→ asolitary:不是第一條蛋白的意思~~軟體常幫我們加個"-"以達到最好 07/30 02:16
6F：→ asolitary:的相似程度~不過我如果不想要的話~不知道可以怎麼改呢 07/30 02:17
7F：推 roqe:不允許gap產生？ 07/30 02:47
8F：→ asolitary:嗯嗯~~我不想充許gap產生~~直接兩兩從第一個比對下來 07/30 03:22
9F：推 pukka:很簡單 把gap penalty調到超大就行了 重點是你要知道原理 07/30 04:49
10F：推 huggie:gap penalty 調大會不會也不會從前面開始比? 有可能也是中 07/30 11:35
11F：→ huggie:間一段..只是沒有 gap 07/30 11:35
12F：推 pukka:那就要改用global alignment軟體,然後把gap penalty 調大 07/30 21:07
13F：推 angleevil:上面說的是正確的 07/31 07:53
14F：→ windincloud:我會建議不要用ncbi的做~ 他的做法會切成小片段 07/31 10:03
15F：→ windincloud:為了改善這樣的事情 我後來採用wu-blast 參考看看囉~ 07/31 10:04
16F：→ windincloud:我上面那句就是huggie大所擔心的事~ 記得學長有跟我說 07/31 10:05
17F：→ windincloud:可以將window size調整就可以改善 不過後來我還是用 07/31 10:05
18F：→ windincloud:wu-blast來做 還有nogap這樣的參數可以設置 07/31 10:06
19F：推 huggie:wu-blast 已經被買走了，沒法下載囉.. 07/31 11:08
20F：→ windincloud:嗯~ freebsd似乎可以直接用post裝 試看看吧~ 08/02 22:45
21F：→ windincloud:要是還沒法~ 那我找看看我的檔案再放出來下載 08/02 22:46