作者asolitary (天→猪)
看板BioMedInfo
标题[问题] 关於alignment
时间Thu Jul 30 01:44:25 2009
我有个软体的问体想请问一下
我们平常比对序列用的软体像是ncbi或是expasy之类的
它们大部份都会帮你的序列做最好的优化之後
再秀给你最大相似程度的比对图
但是我今天如果是不想要它帮我做最好的优化
直接从第一个序列开始比对的话
不知道有没有这种软体的网站
或者是像在ebi那里可以直接改参数呢??
如果可以直接改的话~~不知道可以教我一下改那个就可以用了呢
p.s. 我完全没写过程式~都看不太懂上面的参数是什麽意思
只是想拿这工具来用就好~希望各位不要见怪^^"
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◆ From: 118.170.207.224
1F：→ windincloud:我无法理解你的意思~ ncbi 本来就由第一条开始比呀~ 07/30 02:06
2F：→ windincloud:还是说你要local align? or global align? 07/30 02:07
3F：→ windincloud:想了解那些参数意义 可以先看些align algorithm 07/30 02:08
4F：→ asolitary:我的第一个序列是指两两比对出来的第一个蛋白~~ 07/30 02:14
5F：→ asolitary:不是第一条蛋白的意思~~软体常帮我们加个"-"以达到最好 07/30 02:16
6F：→ asolitary:的相似程度~不过我如果不想要的话~不知道可以怎麽改呢 07/30 02:17
7F：推 roqe:不允许gap产生？ 07/30 02:47
8F：→ asolitary:嗯嗯~~我不想充许gap产生~~直接两两从第一个比对下来 07/30 03:22
9F：推 pukka:很简单 把gap penalty调到超大就行了 重点是你要知道原理 07/30 04:49
10F：推 huggie:gap penalty 调大会不会也不会从前面开始比? 有可能也是中 07/30 11:35
11F：→ huggie:间一段..只是没有 gap 07/30 11:35
12F：推 pukka:那就要改用global alignment软体,然後把gap penalty 调大 07/30 21:07
13F：推 angleevil:上面说的是正确的 07/31 07:53
14F：→ windincloud:我会建议不要用ncbi的做~ 他的做法会切成小片段 07/31 10:03
15F：→ windincloud:为了改善这样的事情 我後来采用wu-blast 参考看看罗~ 07/31 10:04
16F：→ windincloud:我上面那句就是huggie大所担心的事~ 记得学长有跟我说 07/31 10:05
17F：→ windincloud:可以将window size调整就可以改善 不过後来我还是用 07/31 10:05
18F：→ windincloud:wu-blast来做 还有nogap这样的参数可以设置 07/31 10:06
19F：推 huggie:wu-blast 已经被买走了，没法下载罗.. 07/31 11:08
20F：→ windincloud:嗯~ freebsd似乎可以直接用post装 试看看吧~ 08/02 22:45
21F：→ windincloud:要是还没法~ 那我找看看我的档案再放出来下载 08/02 22:46