※ 引述《adu (^_^)》之銘言： : ※ 引述《windincloud (雲淡風輕)》之銘言： : : ^^^^^^^^^^^^ : : 哪樣的資料? 從哪邊取得? : NCBI 人類的genome : : ^^^^^^^^^^^^^^^^^ : : 這邊你指的是? 要將序列轉互補嘛? : : 那這樣應該是 A <-> T C <-> G吧~ : : 若不是的話 那請不要寫 <-> 會讓人起誤會地~ : 對～是只互補的意思:) : : ^^^^^^^^^^^^^^^^ : : 這邊要看特性吧~ 通常是編碼區GC高 非編碼區不一定 : : 所有資料都是5'寫至3' : : 所以當你要丟資料請先確定序列是由5'寫至3' : : 至於互補不互補 BLAST 會幫忙判定的~ : 還是沒有很了解 : 即便都是5'寫到3' DNA以雙股的方式存在，那究竟會挑哪一股出來表示？ : 如 http://bioinfo.cs.ccu.edu.tw/wiki/doku.php?id=transcription : 是挑識別股還是模板股？ : 又以genome的資料來說，不同基因，被轉錄的可能會是雙股中其中一股？ : 那在這樣的情況下，又會挑哪一股上傳到資料庫呢？ 由你文中~ 我沒有辦法知道你想做啥大事~ 不過基本上 序列寫法都是由5'寫至3' 也就是說你今天不管到哪個地方下載序列下來~ 最左邊永遠是5'不會變的 至於挑出哪股來表示 我想你應該是想說方向性問題吧~ 在所有的ncbi中的資料都會標上方向性及啟始與終止位置 這樣你就可以了解這條序列來源是正向或反向股 舉例來說~ 我有條阿拉伯芥序列 APG2 http://0rz.tw/ifODr 由Genomic context中可以看到這條是反義股序列 若切換成xml來看 <Seq-interval_from>83259</Seq-interval_from> <Seq-interval_to>85228</Seq-interval_to> <Seq-interval_strand> <Na-strand value="minus"/> </Seq-interval_strand> 一定有以上資訊 在序列部份是在同義股上83259 ~ 85228 方向性為負向 而在提供出來的fasta format的話 那ncbi會很好心的幫你轉成5'~ 3' 表示 假定83259 ~ 83268正向股是 atccgtcaat 那fasta給你的不會是正向股序列(因為他寫法這樣變成3'~5' 不合規定) 所以你看到的fasta >APG2 83268~ 83259 attgacggat 不知以上說明可以讓你了解嘛? --

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