作者adu (^_^)
看板BioMedInfo
標題[問題] BLASTZ
時間Mon Mar 30 23:25:15 2009
想請問用過BLASTZ的版友，該怎麼執行BLASTZ@@""
他的source code:
http://bio.cse.psu.edu/
我看起來應該是在命令提示字元下鍵入
"blastz sequence1 sequence2 C=3 T=2 Z=10 > blastz.out"
但是沒有blastz.exe，附檔名只有.c、.h的
總覺得是我沒安裝好？
我是直接把code下載下來解壓縮。
用BLASTZ會對我的論文幫助甚大，懇請版友能給我一點知識Orz..
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這些是我看過的ref！
http://www.csie.ntu.edu.tw/~kmchao/seq05fall/BLASTZ.ppt
http://genome.cshlp.org/content/13/1/103.abstract
http://bio.perl.org/wiki/LAV_alignment_format
http://www.psc.edu/general/software/packages/blastz/
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 218.174.41.39
1F：推 hajimels:要自己compile 03/30 23:39
2F：推 cot123:有ncbi包好的吧 @_@ 03/31 00:02
3F：推 cot123:可以到ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/ 03/31 00:09
4F：→ cot123:抓blast-2.2.20-ia32-win32.exe 03/31 00:09
5F：→ windincloud:樓上BLAST!= BLASTZ 差一個z差很多~不過都是alignment 03/31 00:21
6F：→ adu:謝謝版大的回覆，blastz跟blast不同，算是Gap blast的一種 03/31 00:25
7F：→ adu:請問compile該如何做呢@@? 03/31 00:27
8F：推 cot123:oh sorry 我沒看清楚 03/31 00:55
9F：推 cot123:compile的話 我不知道windows下怎麼做 我只知道linux下的 03/31 01:02
10F：→ cot123:linux下的話 有gcc cpp automake就可以用make這個指令來 03/31 01:04
11F：→ cot123:compile 方法就是 解開source code之後 在那目錄下直接打 03/31 01:05
12F：→ cot123:make 就會自己compile好blastz 03/31 01:05
13F：→ cot123:忘記說gcc cpp automake都是linux下的package 03/31 01:06
14F：→ cot123:一般當做workstation的機器都應該會有裝 03/31 01:07
15F：推 cot123:想想 其實不是很確定有沒有需要automake 如果有錯請告訴我 03/31 01:10
16F：推 windincloud:windows的話 有vc系列的應該都可以complier 不過怕的 03/31 01:35
17F：→ windincloud:是要是有些套用到perl F77等其他的東西時就得需要用 03/31 01:36
18F：→ windincloud:minGW or cygwin之類 類unix的os輔助~ 03/31 01:37
19F：推 hajimels:windows下 google "MinGW" ps. vista下會有點問題 = =+ 03/31 08:49
20F：→ hajimels:阿 樓上有寫了XDD 那我再補充一個nmake.exe (M$自己的 03/31 08:50
21F：→ adu:嗯恩！謝謝大家的回答，也謝謝好心的強者幫我架了server 03/31 11:10
22F：→ adu:我會繼續嘗試用cygwin解決的～！ 03/31 11:11
24F：→ adu:補一個解釋output檔的網頁給來者查詢:) 03/31 11:11
25F：→ adu:也還在摸索中~~~感謝各位:D 03/31 11:12
26F：→ windincloud:nmake.exe 記得好像還是要搭配gcc之類的編譯器 03/31 13:15
27F：→ adu:嗯..那些還真的超過我現在能理解的範圍@@"(btw我是vista orz) 03/31 15:27