作者adu (^_^)
看板BioMedInfo
标题[问题] BLASTZ
时间Mon Mar 30 23:25:15 2009
想请问用过BLASTZ的版友，该怎麽执行BLASTZ@@""
他的source code:
http://bio.cse.psu.edu/
我看起来应该是在命令提示字元下键入
"blastz sequence1 sequence2 C=3 T=2 Z=10 > blastz.out"
但是没有blastz.exe，附档名只有.c、.h的
总觉得是我没安装好？
我是直接把code下载下来解压缩。
用BLASTZ会对我的论文帮助甚大，恳请版友能给我一点知识Orz..
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这些是我看过的ref！
http://www.csie.ntu.edu.tw/~kmchao/seq05fall/BLASTZ.ppt
http://genome.cshlp.org/content/13/1/103.abstract
http://bio.perl.org/wiki/LAV_alignment_format
http://www.psc.edu/general/software/packages/blastz/
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 218.174.41.39
1F：推 hajimels:要自己compile 03/30 23:39
2F：推 cot123:有ncbi包好的吧 @_@ 03/31 00:02
3F：推 cot123:可以到ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/ 03/31 00:09
4F：→ cot123:抓blast-2.2.20-ia32-win32.exe 03/31 00:09
5F：→ windincloud:楼上BLAST!= BLASTZ 差一个z差很多~不过都是alignment 03/31 00:21
6F：→ adu:谢谢版大的回覆，blastz跟blast不同，算是Gap blast的一种 03/31 00:25
7F：→ adu:请问compile该如何做呢@@? 03/31 00:27
8F：推 cot123:oh sorry 我没看清楚 03/31 00:55
9F：推 cot123:compile的话 我不知道windows下怎麽做 我只知道linux下的 03/31 01:02
10F：→ cot123:linux下的话 有gcc cpp automake就可以用make这个指令来 03/31 01:04
11F：→ cot123:compile 方法就是 解开source code之後 在那目录下直接打 03/31 01:05
12F：→ cot123:make 就会自己compile好blastz 03/31 01:05
13F：→ cot123:忘记说gcc cpp automake都是linux下的package 03/31 01:06
14F：→ cot123:一般当做workstation的机器都应该会有装 03/31 01:07
15F：推 cot123:想想 其实不是很确定有没有需要automake 如果有错请告诉我 03/31 01:10
16F：推 windincloud:windows的话 有vc系列的应该都可以complier 不过怕的 03/31 01:35
17F：→ windincloud:是要是有些套用到perl F77等其他的东西时就得需要用 03/31 01:36
18F：→ windincloud:minGW or cygwin之类 类unix的os辅助~ 03/31 01:37
19F：推 hajimels:windows下 google "MinGW" ps. vista下会有点问题 = =+ 03/31 08:49
20F：→ hajimels:阿 楼上有写了XDD 那我再补充一个nmake.exe (M$自己的 03/31 08:50
21F：→ adu:嗯恩！谢谢大家的回答，也谢谢好心的强者帮我架了server 03/31 11:10
22F：→ adu:我会继续尝试用cygwin解决的～！ 03/31 11:11
24F：→ adu:补一个解释output档的网页给来者查询:) 03/31 11:11
25F：→ adu:也还在摸索中~~~感谢各位:D 03/31 11:12
26F：→ windincloud:nmake.exe 记得好像还是要搭配gcc之类的编译器 03/31 13:15
27F：→ adu:嗯..那些还真的超过我现在能理解的范围@@"(btw我是vista orz) 03/31 15:27