作者huggie (huggie)
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標題[問題] Protein<--> RNA 預測?
時間Sat Dec 27 23:05:33 2008
我想要預測某 RNA chaperon 是否跟一些 RNA 有 interaction。
不知道有沒有這樣的工具？
我是有看到 prediction of RNA binding site 例如
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17932917
不過不清楚那個是怎麼做的..
我是假設 RNA chaperon 對 RNA 序列會有針對性
不知道這個認知對不對?
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◆ From: 140.129.160.62
※ 編輯: huggie 來自: 140.129.160.62 (12/27 23:06)
1F：→ hgsfhevil:如果是prediction,工具使用svm,他的作法是把已知實驗的 12/27 23:35
2F：→ hgsfhevil:資料當成postive,未知的資料當成negative,之後找出有用 12/27 23:36
3F：→ hgsfhevil:的屬性,去做預測,不過這些屬性一直都不好找 12/27 23:36
4F：推 arpin:樓上的觀念有點問題，請搞清楚 positive 跟 negative 的意義 12/28 01:28
5F：→ huggie:補充:我比較關心有沒有 interaction 不在乎 site 12/28 11:46
6F：→ huggie:不過這會不會是同一個問題呢... 12/28 11:46
7F：→ hgsfhevil:恩,或許你可以解釋一下這兩個名詞的意義,讓我修正觀念 12/28 14:14
8F：→ hgsfhevil:interaction太廣泛,畢竟人類要知道有無作用,還是要有 12/28 14:15
9F：→ hgsfhevil:一個實質的作用發生,才會認定是interaction,你可以縮小 12/28 14:16
10F：→ hgsfhevil:範圍,我不知道RNA chaperon的作用,不過有針對性的話,或 12/28 14:19
11F：→ hgsfhevil:許可以找到可用的屬性,不過我的方法侷限在svm,我想 12/28 14:20
12F：→ hgsfhevil:應該有其他辦法 12/28 14:20
13F：推 auymle:你知道chaperon的PSSM嗎? 如果有的話就可以用簡單的預測了 12/28 23:10
14F：推 auymle:我比較大的疑問是 chaperon會跟RNA interaction嗎? 12/29 00:00
15F：→ auymle:我所知道的function都是跟protein有關耶 12/29 00:00
16F：→ huggie:我看的是 E coli 的 Hfq. 有沒有PSSM? 我還不清楚 12/30 21:18
17F：推 seebass:應該都有，我看PDB裡面蠻多HFQ相關Protein 12/31 00:40
18F：→ seebass:丟進PSI-BLAST應該就可以取得相關PSSM資料了 12/31 00:41
19F：→ seebass:從外型看起來，HFQ應該是保護RNA的folding的Protein 12/31 00:44
20F：→ seebass:(修正上面) HFQ在PDB並不多資料，只有七個結晶化資料 12/31 00:45
21F：推 seebass:然後HFQ應該只是針對sRNA相關 12/31 00:50
22F：→ huggie:PSSM 不是應該從 sRNA 相對應的 domain 來做嗎? 12/31 01:09
23F：→ huggie:我想知道哪些預測的 sRNA 序列可能會被 Hfq 辨認 12/31 01:12
24F：→ huggie:好像有個 AU5G..不確定是某個案例還是 in general 12/31 01:18
25F：→ huggie:講著講著講到我頭昏了..Hfq 其實除了 bind to sRNA 以外另 12/31 01:59
26F：→ huggie:有 mRNA targets. 2004年的paper 說位置不是很確定就是了. 12/31 02:00
27F：→ huggie: ^^^^^^^^^^ 這指的是 sRNA 的 target 三個一起interact 12/31 02:00
28F：→ huggie:我有興趣的是 mRNA 部分 12/31 02:01
29F：→ seebass:OTZ搞半天原來你想找RNA相關 12/31 08:06
30F：→ huggie:XD 我沒有講清楚..^^|| 12/31 10:41
31F：→ huggie:我頭腦也沒想清楚 12/31 10:52
32F：→ hgsfhevil:意思是說,你想找出sRNA bind site那部份的序列嗎? 12/31 16:59
33F：→ hgsfhevil:pssm會是一個辦法,RNA chaperon有什麼已知的現象嗎? 12/31 17:01
34F：→ hgsfhevil:或是有什麼輔助的因子可以當你屬性,畢竟只靠pssm,你東西 12/31 17:03
35F：→ hgsfhevil:還是太單薄,你目前用了多少屬性在上面?可以的話二級結構 12/31 17:07
36F：→ hgsfhevil:我想你也考慮進去了吧,那剩下就是找找有沒有cis or tran 12/31 17:08
37F：→ hgsfhevil:element 會影響這些結合,如果得知得話,這或許是一個方向 12/31 17:09