作者huggie (huggie)
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标题[问题] Protein<--> RNA 预测?
时间Sat Dec 27 23:05:33 2008
我想要预测某 RNA chaperon 是否跟一些 RNA 有 interaction。
不知道有没有这样的工具？
我是有看到 prediction of RNA binding site 例如
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17932917
不过不清楚那个是怎麽做的..
我是假设 RNA chaperon 对 RNA 序列会有针对性
不知道这个认知对不对?
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◆ From: 140.129.160.62
※ 编辑: huggie 来自: 140.129.160.62 (12/27 23:06)
1F：→ hgsfhevil:如果是prediction,工具使用svm,他的作法是把已知实验的 12/27 23:35
2F：→ hgsfhevil:资料当成postive,未知的资料当成negative,之後找出有用 12/27 23:36
3F：→ hgsfhevil:的属性,去做预测,不过这些属性一直都不好找 12/27 23:36
4F：推 arpin:楼上的观念有点问题，请搞清楚 positive 跟 negative 的意义 12/28 01:28
5F：→ huggie:补充:我比较关心有没有 interaction 不在乎 site 12/28 11:46
6F：→ huggie:不过这会不会是同一个问题呢... 12/28 11:46
7F：→ hgsfhevil:恩,或许你可以解释一下这两个名词的意义,让我修正观念 12/28 14:14
8F：→ hgsfhevil:interaction太广泛,毕竟人类要知道有无作用,还是要有 12/28 14:15
9F：→ hgsfhevil:一个实质的作用发生,才会认定是interaction,你可以缩小 12/28 14:16
10F：→ hgsfhevil:范围,我不知道RNA chaperon的作用,不过有针对性的话,或 12/28 14:19
11F：→ hgsfhevil:许可以找到可用的属性,不过我的方法局限在svm,我想 12/28 14:20
12F：→ hgsfhevil:应该有其他办法 12/28 14:20
13F：推 auymle:你知道chaperon的PSSM吗? 如果有的话就可以用简单的预测了 12/28 23:10
14F：推 auymle:我比较大的疑问是 chaperon会跟RNA interaction吗? 12/29 00:00
15F：→ auymle:我所知道的function都是跟protein有关耶 12/29 00:00
16F：→ huggie:我看的是 E coli 的 Hfq. 有没有PSSM? 我还不清楚 12/30 21:18
17F：推 seebass:应该都有，我看PDB里面蛮多HFQ相关Protein 12/31 00:40
18F：→ seebass:丢进PSI-BLAST应该就可以取得相关PSSM资料了 12/31 00:41
19F：→ seebass:从外型看起来，HFQ应该是保护RNA的folding的Protein 12/31 00:44
20F：→ seebass:(修正上面) HFQ在PDB并不多资料，只有七个结晶化资料 12/31 00:45
21F：推 seebass:然後HFQ应该只是针对sRNA相关 12/31 00:50
22F：→ huggie:PSSM 不是应该从 sRNA 相对应的 domain 来做吗? 12/31 01:09
23F：→ huggie:我想知道哪些预测的 sRNA 序列可能会被 Hfq 辨认 12/31 01:12
24F：→ huggie:好像有个 AU5G..不确定是某个案例还是 in general 12/31 01:18
25F：→ huggie:讲着讲着讲到我头昏了..Hfq 其实除了 bind to sRNA 以外另 12/31 01:59
26F：→ huggie:有 mRNA targets. 2004年的paper 说位置不是很确定就是了. 12/31 02:00
27F：→ huggie: ^^^^^^^^^^ 这指的是 sRNA 的 target 三个一起interact 12/31 02:00
28F：→ huggie:我有兴趣的是 mRNA 部分 12/31 02:01
29F：→ seebass:OTZ搞半天原来你想找RNA相关 12/31 08:06
30F：→ huggie:XD 我没有讲清楚..^^|| 12/31 10:41
31F：→ huggie:我头脑也没想清楚 12/31 10:52
32F：→ hgsfhevil:意思是说,你想找出sRNA bind site那部份的序列吗? 12/31 16:59
33F：→ hgsfhevil:pssm会是一个办法,RNA chaperon有什麽已知的现象吗? 12/31 17:01
34F：→ hgsfhevil:或是有什麽辅助的因子可以当你属性,毕竟只靠pssm,你东西 12/31 17:03
35F：→ hgsfhevil:还是太单薄,你目前用了多少属性在上面?可以的话二级结构 12/31 17:07
36F：→ hgsfhevil:我想你也考虑进去了吧,那剩下就是找找有没有cis or tran 12/31 17:08
37F：→ hgsfhevil:element 会影响这些结合,如果得知得话,这或许是一个方向 12/31 17:09