作者auymle (.....)
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標題Re: [問題] 預測基因存在的工具
時間Sat Dec 6 00:05:40 2008
※ 引述《leondemon (狗狗)》之銘言：
: 請問一下要某一細菌或古細菌的基因體序列（genome sequence)
: 那要預測有多少基因「確實存在」 哪個生資軟體的正確率比較高？
: 目前我知道的有GLIMMER 它標榜著有97~98%的預測準確度
: 請問一下還有哪些類似的優秀軟體呢？
我對這個領域比較不熟
但我知道有幾篇prediction method的比較
A brief review of computational gene prediction methods.(2004)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15901250
Computational approaches to gene prediction (2006)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16728949
Comparative genomics as a tool for gene discovery (2006)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16459073
其實目前沒有一個比較好的工具
而且他們宣稱的準確度其實都是by case
所以用到其他的organism上是否一樣有這麼好的結果
應該會有很大的疑問
如果是我要做gene predction
我會使用多個大家比較推薦的工具
再去尋找不同工具間的intersection
如果大家有不同的觀點可以提出來討論討論
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.151.5
1F：→ hgsfhevil:但是我會比較希望是用full-lenth cDNA去驗證這個gene 12/06 14:02
2F：→ auymle:如果你能拿到full-length cDNA了 你就不需要去做 12/06 14:03
3F：→ auymle:prediction了 12/06 14:03
4F：→ hgsfhevil:當然是這樣,可是大部分prediction工具是針對人類 12/06 23:04
5F：→ hgsfhevil:這些工具是以人類為基準,不知道用在古細菌,有說服力嗎 12/06 23:05
6F：→ hgsfhevil:如果是要針對非人類物種的,大部分是要靠商業軟體 12/06 23:06
7F：推 leondemon:預測和實驗驗證應該是要分開的 尤其很多基因平常不表現 12/07 00:30
8F：→ leondemon:靠實驗蒐集的只能得到部份的基因資料 所以預測有重要性 12/07 00:30
9F：推 leondemon:預測到平常不表現的基因 才能發現出這個基因存在的價值 12/07 00:33
10F：→ auymle:h大你應該是對這領域不熟吧? 12/07 00:47
11F：→ auymle:當然有些工具是針對特定物種設計的, 但是如果從genome 12/07 00:47
12F：→ auymle:complex來看的話, bacterial的基因比human都還要容易預測 12/07 00:48
13F：→ auymle:而且有commercial的gene prediction的工具嗎? 這我是沒聽過 12/07 00:50
14F：→ hgsfhevil:我並非不熟,我只是受到生物背景教授的影響 12/07 02:59
15F：→ hgsfhevil:如同你說的,用到其他的organism上是否一樣有這麼好的結 12/07 02:59
16F：→ hgsfhevil:果,再來我是希望可以有一個好理由也讓實驗有說服力 12/07 03:01
17F：→ hgsfhevil:我專長不在genome sequence預測,雖然我講的有偏離主題 12/07 03:03
18F：→ hgsfhevil:不過如果你有一些fL-cDNA得到的結果跟你預測軟體得到結 12/07 03:04
19F：→ hgsfhevil:果差不多時,會有一定說服力,如果沒有,當然靠多個軟體 12/07 03:05
20F：→ hgsfhevil:得到結果是一個好方法,喝,這只是我做預測得到的心得 12/07 03:06
21F：→ hgsfhevil:不過也限於討論,畢竟不是每個教授都很關注在生物意義上 12/07 03:07
22F：→ tyhong:細菌基因組定序完成的都有註解基因體多大基？因大約多少個 01/10 13:20
23F：→ tyhong:細菌大約1 kb有一個基因 所以測量基因體大小即可推算出 出 01/10 13:52