作者auymle (.....)
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标题Re: [问题] 预测基因存在的工具
时间Sat Dec 6 00:05:40 2008
※ 引述《leondemon (狗狗)》之铭言：
: 请问一下要某一细菌或古细菌的基因体序列（genome sequence)
: 那要预测有多少基因「确实存在」 哪个生资软体的正确率比较高？
: 目前我知道的有GLIMMER 它标榜着有97~98%的预测准确度
: 请问一下还有哪些类似的优秀软体呢？
我对这个领域比较不熟
但我知道有几篇prediction method的比较
A brief review of computational gene prediction methods.(2004)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15901250
Computational approaches to gene prediction (2006)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16728949
Comparative genomics as a tool for gene discovery (2006)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16459073
其实目前没有一个比较好的工具
而且他们宣称的准确度其实都是by case
所以用到其他的organism上是否一样有这麽好的结果
应该会有很大的疑问
如果是我要做gene predction
我会使用多个大家比较推荐的工具
再去寻找不同工具间的intersection
如果大家有不同的观点可以提出来讨论讨论
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.151.5
1F：→ hgsfhevil:但是我会比较希望是用full-lenth cDNA去验证这个gene 12/06 14:02
2F：→ auymle:如果你能拿到full-length cDNA了 你就不需要去做 12/06 14:03
3F：→ auymle:prediction了 12/06 14:03
4F：→ hgsfhevil:当然是这样,可是大部分prediction工具是针对人类 12/06 23:04
5F：→ hgsfhevil:这些工具是以人类为基准,不知道用在古细菌,有说服力吗 12/06 23:05
6F：→ hgsfhevil:如果是要针对非人类物种的,大部分是要靠商业软体 12/06 23:06
7F：推 leondemon:预测和实验验证应该是要分开的 尤其很多基因平常不表现 12/07 00:30
8F：→ leondemon:靠实验蒐集的只能得到部份的基因资料 所以预测有重要性 12/07 00:30
9F：推 leondemon:预测到平常不表现的基因 才能发现出这个基因存在的价值 12/07 00:33
10F：→ auymle:h大你应该是对这领域不熟吧? 12/07 00:47
11F：→ auymle:当然有些工具是针对特定物种设计的, 但是如果从genome 12/07 00:47
12F：→ auymle:complex来看的话, bacterial的基因比human都还要容易预测 12/07 00:48
13F：→ auymle:而且有commercial的gene prediction的工具吗? 这我是没听过 12/07 00:50
14F：→ hgsfhevil:我并非不熟,我只是受到生物背景教授的影响 12/07 02:59
15F：→ hgsfhevil:如同你说的,用到其他的organism上是否一样有这麽好的结 12/07 02:59
16F：→ hgsfhevil:果,再来我是希望可以有一个好理由也让实验有说服力 12/07 03:01
17F：→ hgsfhevil:我专长不在genome sequence预测,虽然我讲的有偏离主题 12/07 03:03
18F：→ hgsfhevil:不过如果你有一些fL-cDNA得到的结果跟你预测软体得到结 12/07 03:04
19F：→ hgsfhevil:果差不多时,会有一定说服力,如果没有,当然靠多个软体 12/07 03:05
20F：→ hgsfhevil:得到结果是一个好方法,喝,这只是我做预测得到的心得 12/07 03:06
21F：→ hgsfhevil:不过也限於讨论,毕竟不是每个教授都很关注在生物意义上 12/07 03:07
22F：→ tyhong:细菌基因组定序完成的都有注解基因体多大基？因大约多少个 01/10 13:20
23F：→ tyhong:细菌大约1 kb有一个基因 所以测量基因体大小即可推算出 出 01/10 13:52