作者hgsfhevil (evil)
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標題Re: [問題] 關於blast的用法
時間Fri Jul 11 21:21:08 2008
抱歉,又打擾大家
之前是找到設定e-value的方法
-c config.txt
config.txt 裡面放入-e 0.00001
不過,後來發現,他根本起不了作用
請問有經驗的人,要如何設定e-vlaue的值ㄋ
下面是我下的指令:
./blastclust -i input file -o output file -p F
目前,老師是要我試著下e-vlaue指令
請問有經驗的大家,如何做ㄋ
ps: -S -L 目前老師沒有要求,
>~<好急阿,來個好心人吧
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◆ From: 118.169.56.6
1F：推 cot123:參數直接加上-e不就可以了? 07/12 00:05
2F：→ seebass:不是blast,而是blastclust 07/12 00:29
3F：→ hgsfhevil:恩,是blastclust,其實,我會來這發問,因為我發現下多小都 07/12 07:02
4F：→ hgsfhevil:沒有作用,真的很苦惱 07/12 07:03
5F：→ xpertslayers:-c -e 07/12 20:45
6F：推 cot123:喔喔 不好意思我沒看清楚 07/13 03:36
7F：→ hgsfhevil:我標題沒打好,也算是我的失誤, 07/14 11:15
8F：推 tear2001:你要不要考慮把出來的結果事後用perl作parse會比較快... 07/14 23:49
9F：→ hgsfhevil:你的意思是用blastn or blastp產生出來的結果, 07/15 07:57
10F：→ hgsfhevil:產生出來的結果,之後用bioperl做parser?我懷疑老師 07/15 07:58
11F：→ hgsfhevil:我這樣做 07/15 07:58