作者huggie (huggie)
看板BioMedInfo
標題[轉錄][求救] MASCOT蛋白質身分鑑定參數設定?
時間Tue Jun 17 20:59:30 2008
※ [本文轉錄自 Biotech 看板]
作者: NightAmades (夜) 看板: Biotech
標題: [求救] MASCOT蛋白質身分鑑定參數設定?
時間: Tue Jun 17 18:20:48 2008
各位大大好!
我送蛋白質樣本打LC/MS/MS
而送樣回來的檔案經由網路版MASCOT搜尋資料庫
我的問題在於...有沒有一個參考數值提供與我
合理的(不會過於鬆也不會過於嚴謹)設定參數：
例如：
peptide tol.
MS/MS tol.
Allow up to cleavages
Error tolerant以及Decoy是否勾選!?
等等的參數設定!
之前有聽老師說在LC/MS/MS之下
peptide tol.可設1.5Da 或 300ppm以內
MS/MS tol. 可設0.6Da
但是不知道這依據為何!?
所以...以上希望知道的大大們可以解惑一下!
能的話希望能給在下參考設定參數數值的paper!
好讓我整個過程中有所依據....(總不能跟老闆說我聽網路上的人說XXXX ~"~)
感激不盡!!~
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.127.160.142
1F：推 huggie:借/幫轉 BioMedInfo 板 06/17 20:59
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.160.62
2F：推 plankton:1.參數的設定通常都是依照經驗.. 06/18 00:45
3F：→ plankton:2.有些期刊有規定你paper裡面用到的資料要符合哪些限制 06/18 00:46
4F：→ plankton:3.MASCOT的網站有簡易的說明參數的意義 06/18 00:46