作者huggie (huggie)
看板BioMedInfo
标题[转录][求救] MASCOT蛋白质身分监定参数设定?
时间Tue Jun 17 20:59:30 2008
※ [本文转录自 Biotech 看板]
作者: NightAmades (夜) 看板: Biotech
标题: [求救] MASCOT蛋白质身分监定参数设定?
时间: Tue Jun 17 18:20:48 2008
各位大大好!
我送蛋白质样本打LC/MS/MS
而送样回来的档案经由网路版MASCOT搜寻资料库
我的问题在於...有没有一个参考数值提供与我
合理的(不会过於松也不会过於严谨)设定参数：
例如：
peptide tol.
MS/MS tol.
Allow up to cleavages
Error tolerant以及Decoy是否勾选!?
等等的参数设定!
之前有听老师说在LC/MS/MS之下
peptide tol.可设1.5Da 或 300ppm以内
MS/MS tol. 可设0.6Da
但是不知道这依据为何!?
所以...以上希望知道的大大们可以解惑一下!
能的话希望能给在下参考设定参数数值的paper!
好让我整个过程中有所依据....(总不能跟老板说我听网路上的人说XXXX ~"~)
感激不尽!!~
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.127.160.142
1F：推 huggie:借/帮转 BioMedInfo 板 06/17 20:59
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.160.62
2F：推 plankton:1.参数的设定通常都是依照经验.. 06/18 00:45
3F：→ plankton:2.有些期刊有规定你paper里面用到的资料要符合哪些限制 06/18 00:46
4F：→ plankton:3.MASCOT的网站有简易的说明参数的意义 06/18 00:46