※ 引述《liturtle (超屌師大附友會)》之銘言： : 原文恕刪~~~ : 我想我的疑問沒有被解答 : 就直接回文來討論一下吧 : 我這邊認為的蛋白質預測 : 是指 丟入蛋白質的胺基酸序列給軟體 : "預測"出他的"三級"結構 : 那麼如果是一開始就有PDB檔 就代表他的結構已經被解出 : 打開裡面就可以看到坐標 : 丟到類似PYMOL 或是 CHIME 之類的軟體 即可以"秀出"結構立體圖 : 但這些都不是"預測"吧 因為結構都已經解出來 座標都被標定了 怎樣能算是預測? : 另外DSSP我知道 : 我們做的結構比對軟體基本上就是利用他來做training : 不過這個程式也是需要PDB檔 這樣也不算是預測吧 : 最後 : 我當然了解二級結構需要被預測 : 但我指的是 現在要算出二級的軟體很多 : 但是要"預測"出"三級結構"的其實幾乎沒有 : PS.以上問題 都要在我們認為的"預測"定義相同 才可以成立 嗯~ 我可能講的不夠清楚 其實這邊預測的的確確是可以做到給定一未知protein 然後預測出其二級結構 我所提的方法只是所謂建立一個model 而model的建立當然是由一個已知的資訊才能建立 所謂用machine learing的方式是說 我提供屬性及答案給機器讓他像人一樣去學習 當學習後機器會根據他所學到的知識建立一個model 然後就可以將你想要得知protein "二級結構"的樣子預測出來 這邊要特別要說的是因為屬性給的不一樣(可能會有物化屬性等等) 所以剛剛有回文提到homology modeling 我想可能會有些許的差異才對 不過基本上還是建立model然後根據model再來預測 再來L大所提到三級結構預測 這目前真的很難用電腦計算去得知 所以要是L大將預測定義是預測出給定一條未知protein序列得到其三級結構 那就比較沒法 但是要是要是forcus在二級結構則是可以的 -- 通常我們稱"預測"時都會說明是預測是啥問題 所以看到預測蛋白質結構時我會直覺是預測蛋白質二結構(上課被荼毒太久的直覺反應) 這邊要跟L大說聲不好意思 -- 最近有看到所謂預測 β-barrel protein 的問題 因為β-barrel protein樣子比較固定 http://www.biologie.uni-konstanz.de/folding/Structure%20gallery%201.html 所以有人也會提高β-strain的預測甚至預測出其是anti-parallel或是parallel 這樣可以畫出預測的β-barrel protein三級結構 不知這樣可以算預測出三級結構嗎? XD --

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