※ 引述《liturtle (超屌师大附友会)》之铭言： : 原文恕删~~~ : 我想我的疑问没有被解答 : 就直接回文来讨论一下吧 : 我这边认为的蛋白质预测 : 是指 丢入蛋白质的胺基酸序列给软体 : "预测"出他的"三级"结构 : 那麽如果是一开始就有PDB档 就代表他的结构已经被解出 : 打开里面就可以看到坐标 : 丢到类似PYMOL 或是 CHIME 之类的软体 即可以"秀出"结构立体图 : 但这些都不是"预测"吧 因为结构都已经解出来 座标都被标定了 怎样能算是预测? : 另外DSSP我知道 : 我们做的结构比对软体基本上就是利用他来做training : 不过这个程式也是需要PDB档 这样也不算是预测吧 : 最後 : 我当然了解二级结构需要被预测 : 但我指的是 现在要算出二级的软体很多 : 但是要"预测"出"三级结构"的其实几乎没有 : PS.以上问题 都要在我们认为的"预测"定义相同 才可以成立 嗯~ 我可能讲的不够清楚 其实这边预测的的确确是可以做到给定一未知protein 然後预测出其二级结构 我所提的方法只是所谓建立一个model 而model的建立当然是由一个已知的资讯才能建立 所谓用machine learing的方式是说 我提供属性及答案给机器让他像人一样去学习 当学习後机器会根据他所学到的知识建立一个model 然後就可以将你想要得知protein "二级结构"的样子预测出来 这边要特别要说的是因为属性给的不一样(可能会有物化属性等等) 所以刚刚有回文提到homology modeling 我想可能会有些许的差异才对 不过基本上还是建立model然後根据model再来预测 再来L大所提到三级结构预测 这目前真的很难用电脑计算去得知 所以要是L大将预测定义是预测出给定一条未知protein序列得到其三级结构 那就比较没法 但是要是要是forcus在二级结构则是可以的 -- 通常我们称"预测"时都会说明是预测是啥问题 所以看到预测蛋白质结构时我会直觉是预测蛋白质二结构(上课被荼毒太久的直觉反应) 这边要跟L大说声不好意思 -- 最近有看到所谓预测 β-barrel protein 的问题 因为β-barrel protein样子比较固定 http://www.biologie.uni-konstanz.de/folding/Structure%20gallery%201.html 所以有人也会提高β-strain的预测甚至预测出其是anti-parallel或是parallel 这样可以画出预测的β-barrel protein三级结构 不知这样可以算预测出三级结构吗? XD --

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