作者liturtle (超屌師大附友會)
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標題Re: [問題] 請問版上高手 蛋白質預測的問題
時間Mon Jun 16 17:29:12 2008
原文恕刪~~~
我想我的疑問沒有被解答
就直接回文來討論一下吧
我這邊認為的蛋白質預測
是指 丟入蛋白質的胺基酸序列給軟體
"預測"出他的"三級"結構
那麼如果是一開始就有PDB檔 就代表他的結構已經被解出
打開裡面就可以看到坐標
丟到類似PYMOL 或是 CHIME 之類的軟體 即可以"秀出"結構立體圖
但這些都不是"預測"吧 因為結構都已經解出來 座標都被標定了 怎樣能算是預測?
另外DSSP我知道
我們做的結構比對軟體基本上就是利用他來做training
不過這個程式也是需要PDB檔 這樣也不算是預測吧
最後
我當然了解二級結構需要被預測
但我指的是 現在要算出二級的軟體很多
但是要"預測"出"三級結構"的其實幾乎沒有
PS.以上問題 都要在我們認為的"預測"定義相同 才可以成立
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曾經有一碗熱騰騰又好吃的叉燒飯擺在我面前
我卻沒有去吃她
直到吃不到了才感到後悔莫及
如果能有一個機會讓我在遇到她
我一定會.吃.光.光.
http://www.wretch.cc/blog/kyo0059
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.114.98.92
1F：推 nightcatman:他講的是homology modeling, 和你講的並沒有衝突 06/16 18:15
2F：→ liturtle:收到~ 如果他講的是modeling的事情我就比較理解了~ 感謝! 06/16 18:29
4F：→ nightcatman:ab-initio是最後不得已才做的事... 06/16 18:31
5F：→ liturtle:恩恩 這我知道 感謝 只是我這邊傾向於認為如果要使用到 06/16 18:34
6F：→ liturtle:homology做預測絕對沒問題 但是對於novel protein 也就是 06/16 18:35
7F：→ liturtle:沒什麼homology的protein 就很難了 06/16 18:36
8F：→ liturtle:我想是我一開始沒有提到這點 先跟大家說抱歉~ 06/16 18:36